1. Selenoproteïnes identificades
La següent taula mostra els resultats obtinguts amb el programari informàtic utilitzat. Conté les selenoproteïnes trobades després de l'anàlisi del genoma de l'ós panda, juntament amb casos dubtosos del selenoproteoma d'aquesta espècie (marcats en asterisc al final de la taula).
2. Homòlegs amb cisteïna/altres AA
La següent taula mostra els resultats obtinguts amb el programari informàtic utilitzat.
| TAULA 2 | Programes usats | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Nom proteïna | Espècie | tblastn | exonerate | genewise | tcoffee | SECIS | Estructura SECIS |
| GPx5 | Hs | GL193897.1 (+) | Cys(73) | Cys(73) | OK | NO | NO |
| GPx7 | Mm | GL192442.1 (-) | Cys(56) | Cys(56) | OK | NO | NO |
| GPx8 | Mm | GL193930.1 (-) | Cys(79) | NO | OK | NO | NO |
| MsRA | Hs | GL192633.1 (+) | Cys(74) | Cys(74) | OK | OK | OK |
| SelU1 | Hs | GL192914.1 (+) | Cys(85) | Cys(85) | OK | NO | NO |
| SelU2 | Hs | GL193912.1(+) | Cys(89) | NO | OK | NO | NO |
| SelU3 | Hs | GL193143.1 (+) | Cys(47) | NO | OK | NO | NO |
| SelR2 | Hs | GL192355.1 (+) | Cys(186) | Cys(186) | OK | NO | NO |
| SelR3 | Hs | GL192723.1 (+) | Cys(158) | Cys(158) | OK | NO | NO |
| SelW2 | Mm | GL194160.1 (-) | Cys(33) | Cys(33) | OK | OK | OK |
3. Maquinària de traducció
La següent taula mostra els resultats obtinguts amb el programari informàtic utilitzat.
| TAULA 3 | Programes usats | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| Nom proteïna | Espècie | tblastn | exonerate | genewise | tcoffee |
| SBP2 | Hs | GL192685.1 (+) | OK | NO | OK |
| eEFSec | Hs | GL192552.1 (+) | OK | OK | OK |
| PSTK | Hs | GL194849.1 (+) | OK | OK | OK |
| SLA/LP | Hs | GL194430.1 (-) | OK | OK | OK |
| SECp43 | Hs | GL192357.1 (+) | OK | OK | OK |
| SPS1 | Hs | GL193305.1 (+) | Thr(29) | OK | OK |
| SPS2 | Mm | GL193188.1 (+) | OK(63) | OK(63) | OK |
Up
4. tRNAscan
Després d'un anàlisi exhaustiu de la llista obtinguda, considerem que els tRNAs que presenten un "cove score" més elevat seran els més probables. Així doncs, podem dir que l'Ailuropoda melanoleuca presenta dos tRNAs.
A continuació mostrem la estructura d'aquests:
GL192530.1.trna29 (930778-930848) Length:71 bp Type: SeC Anticodon: TCA at 33-35 (930810-930812) Score: 50.79 Seq: ACCTGGCTGGCTCAGTCGGTAGAGCATGTGACTCAATCTCATGGtTGTGAGTTCGAGACCCACGTTGGGTA Str: >>>>>>>..>>>>........<<<<.>>.>>.....<<.<<.....>>>.>.......<.<<<<<<<<<<.
Per veure la imatge clica aquí.
GL193124.1.trna3 (26915-27000) Length: 86 bp Type: SeC(e) Anticodon: TCA at 36-38 (26950-26952) Score: 73.19 Seq: GCCCGAATGATCCTCAGTGGTCTGGGGTGCAGGCTTCAAACCTGTAGCTGTCTAGCGACAGAGTGGTTCAATTCCACCTTTCGGGC Str: >>>>>>>.>..>>>>>>....<<<<<<>>>>>>.......<<<<<<.>>>>>....<<<<<.>>>>.......<<<<<.<<<<<<<
Per veure la imatge clica aquí.
Up
5. Selenoprofiles
La següent taula mostra els resultats obtinguts amb el programari informàtic utilitzat.
Resultats Selenoprofiles
Up