Les selenoproteïnes es caracteritzen per contenir alguna selenocisteïna en la seva seqüència, considerada el vint-i-unè aminoàcid. Aquest aminoàcid, tot i semblar idèntic a la cisteïna contè un residu de seleni enlloc de sofre que s'incorpora gràcies a la recodificació pel codó de terminació UGA.
L'objectiu d'aquest treball és trobar les selenoproteïnes en el genoma d’Ailuropoda melanoleuca (Giant Panda), seqüenciat l'any 2009.
Per realitzar aquest estudi hem fet servir diverses eines bioinformàtiques com SelenoDB, BLAST (tBLASTn), Exonerate, Genewise i T-Coffee. A més d'analitzar la presència de les selenoproteïnes esmentades, hem buscat elements SECIS en els hits candidats a ser selenoproteïnes i la maquinària necessària per la síntesi de d'aquestes proteïnes.
El nostre estudi proposa el selenoproteoma d'Ailuropoda meolanoleuca, constituit per un total de 23 selenoproteïnes. A més hem observat modificacions genòmiques respecte els seus ortòlegs en altres espècies: SelS ha estat identificada com a pseudogen, SelW1 s'ha duplicat i caldria seguir investigant el cas de SelV.
Selenoproteins are characterised for having a selenocistein in their sequence, considered the 21st amino-acid. This amino-acid, although seemingly identical to Cys, contains a Se residue instead of S which is incorporated thanks to the recodification of the more commonly known as a termination codon UGA.
The aim of this project is to find the selenoproteins in the genome of Ailuropoda melanoleuca (Giant Panda), sequenced in 2009.
In order to develop this study we have used several bioinformatic tools such as SelenoDB, BLAST (tBLASTn), Exonerate, Genewise and T-Coffee. We have not only analyzed the presence of the selenoproteins, but also looked for the SECIS elements within the candidate hits and the necessary machinery for selenoprotein synthesis.
Our study proposes the selenopoteome of Ailuropoda meolanoleuca, which consists of a sum of 23 selenoproteins. To sum up we have discovered some genomic modifications in comparision with orthologues from other species: SelS has been identified as a pseudogene, SelW1 has been duplicated and further reserach is needed to acertain the biological importance of SelV.
Up
Més
—
Si vols saber més sobre Ailuropoda melanoleuca entra a la web del WWF, on es descriu la seva situació actual. O bé, continua llegint a l'apartat d'Introducció...