Família SPS

La família de les SPS consta de dues subfamílies: SPS1 i SPS2. Les SPS2, a part d’ encarregar-se de la síntesis del selenofosfat, són selenoproteïnes en moltes espècies. En canvi, les SPS1 no contenen selenocisteïnes i no estan implicades en la síntesis del selenofosfat ni en cap altre pas implicat en la síntesis de selenocisteïnes.

Per tal de comprovar que els scaffolds que hem seleccionat com a possible SPS1 i SPS2 en Aotus nancymaae realment ho eren, hem elaborat el següent arbre filogenètic:

Figura 10. Arbre filogenètic de la família de selenoproteïnes SPS


SPS1

En el genoma d’Aotus nancymaae trobem una proteïna homòloga a la SPS1 d’Homo Sapiens totalment idèntica en el scaffold KN990660.1. Com a l’arbre filogenètic veiem que la proteïna d’aquest scaffold s’agrupa amb la SPS1 d’Homo Sapiens, podem dir que es tracta de la SPS1 d’Aotus nancymaae. La seqüència que codifica per aquesta proteïna és de 1175 nucleòtids (215949-217124) i es troba en sentit positiu. Conté 1 sol exó que no té cap selenocisteïna, igual que en la SPS1 d’Homo Sapiens.

A més, per aquesta proteïna tampoc s'ha pogut predir cap element SECIS ni cap selenoproteïna amb Seblastian. Per tant, podem concloure que en Aotus nancymaae la SPS1 segueix sense ser una selenoproteïna.






SPS2

En el genoma d’Aotus nancymaae trobem una selenoproteïna homòloga a la SPS2 d’Homo Sapiens totalment idèntica en el scaffold KN993176.1. Com a l’arbre filogenètic veiem que la proteïna d’aquest scaffold s’agrupa amb la SPS2 d’Homo Sapiens, podem dir que es tracta de la SPS2 d’Aotus nancymaae. La seqüència que codifica per aquesta proteïna és de 1445 nucleòtids (173885-175330) i es troba en sentit positiu. Conté 1 sol exó amb dues selenocisteïnes en la mateixa posició que les dues selenocisteïnes de la SPS2 d’Homo Sapiens.

A més, per aquesta proteïna s'ha pogut predir un element SECIS de grau A en sentit positiu, que es troba entre les posicions 175790 i 175866 del mateix scaffold i, per tant, en posició 3’ de les Sec. En aquest cas, el Seblastian ha predit que en aquest scaffold es troba la SPS2 d’Aotus nancymaae però és més curta que la que nosaltres hem trobat i només conté la primera Sec. Potser això es deu a que l’anotació no és tan completa com la nostra.