Cerca de Selenoproteïnes

Resultats i Discussió de P. capsici

tBLASTn	Hits	Fastasubseq	Estructura exònica	cDNA	Proteïna	tCoffee	Selenoproteïna	SeCIS
	1						Homòleg en cisteïna
							Homòleg en cisteïna
	2						Homòleg en cisteïna
							Homòleg en cisteïna
	3						Homòleg en cisteïna
							Homòleg en cisteïna
	4						Homòleg en cisteïna
	5						Homòleg en cisteïna
							Homòleg en cisteïna
	6						Homòleg en cisteïna
	7						Homòleg en cisteïna
	8						Homòleg en cisteïna
	9						Homòleg en cisteïna

Quan s’usa la query EhSEP2 d’Emiliania huxleyi per fer un tBlastn contra la base de dades genòmica de P.capsici s’obtenen 9 hits que són estadísticament significatius (E-value < 1·10^-4).

Hit 1

L’anàlisi amb Exonerate d’aquest primer scaffold detecta dos possibles alineaments, mentre que Genewise sols prediu el primer.

• El primer és un alineament revers que prediu un gen d’un sol exó en el qual s’alinea la selenocisteïna de la query amb una cisteïna, per tant correspondria a un homòleg d’EhSEP2 amb Cys. El resultat del Tcoffee és molt bo i quan s’usa la proteïna predita per fer un Blastp contra una Base de dades no redundant a l’NCBI els primers hits trobats són de la família de les Tioredoxina-Disulfit Isomerases (TDI).


• El segon alineament també és revers i prediu un gen de 3 exons i 2 introns en el qual la selenocisteïna de la query s’alinea amb una cisteïna al primer exó. El resultat del Tcoffe és molt bo i més llarg que l’anterior. Quan es fa el Blastp a l’NCBI amb la proteïna predita es retornen proteïnes de la família de les TDI.

No s’ha trobat elements SeCIS amb SECISearch. Els dos alineaments predits se solapen, per tant només se'n pot trobar un dels dos. El conjunt de resultats indica amb alta probabilitat que hi ha un gen homòleg d’EhSEP2 amb cisteïna en aquest scaffold, el predit al segon alineament.

Hit 2

Exonerate prediu dos possibles alineaments en aquest scaffold a diferència de Genewise que només troba el primer.

• El primer és un alineament directe que prediu un gen format per un sol exó que presenta un canvi de la selenocisteïna per una cisteïna, per tant seria un gen homòleg amb cisteïna. El Tcoffee obtingut és molt bo i l’NCBI retorna proteïnes sobretot de la superfamília de les Tioredoxines tot i que també en prediu de la família de les Tioredoxina-Disulfit Isomerases.


• El segon alineament prediu un gen d’un sol exó en la cadena directa, en que també es canvia la selenocisteïna per una cisteïna. El resultat del Tcoffee és bo i l’NCBI retorna sobretot proteïnes de la família TDI.

L’estudi amb SECISearch de la regió no ha donat cap resultat. Els gens predits no se solapen, per tant amb els resultats obtinguts es dedueix que hi ha dos gens homòlegs a EhSEP2 amb cisteïna en aquest scaffold.

Hit 3

L’anàlisi amb Exonerate del tercer scaffold prediu dos possibles alineaments. Genewise prediu només el primer.

• Aquest és un alineament directe que prediu un gen d’un sol exó i en que s'alinea la selenocisteïna amb una cisteïna. El resultat obtingut amb Tcoffee és molt bo i en fer el Blastp amb l’NCBI els hits trobats s’inclouen dins de la família de les TDI.


• El segon alineament predit és directe i s’hi prediu un gen homòleg d’EhSEP2 amb cisteïna d’un sol exó. El resultat del Tcoffee obtingut és molt bo i en fer l’anàlisi amb Blastp de la proteïna predita amb l’NCBI aquest retorna proteïnes de la família de les Tioredoxina-Disulfit Isomerases.

No s’han detectat elements SeCIS amb el programa SECISearch. Els dos gens predits no són solapants, de manera hi ha la possibilitat que en aquest scaffold s’hi trobin dos gens homòlegs a EhSEP2 amb cisteïna.

Hit 4

Per aquest scaffold, tant Exonerate com Genewise prediuen un sol gen format per un exó i en el qual es canvia la selenocisteïna de la query per una cisteïna. El Tcoffee obtingut és bo i els resultats de fer un Blastp amb NCBI són sobretot de la família de les TDI. SECISearch no ha trobat cap element SeCIS en aquesta regió. Els resultats porten a concloure que amb força probabilitat hi ha un gen homòleg d’EhSEP2 amb cisteïna en aquest scaffold.

Hit 5

Exonerate prediu dos possibles alineaments en aquest scaffold mentre que Genewise només troba una part del segon alineament.

• El primer és un alineament directe que prediu un gen d’un sol exó en que es canvia la selenocisteïna per una cisteïna. El Tcoffee obtingut és molt bo i el Blastp amb NCBI retornen sobretot Disulfit Isomerases.


• El segon alineament es troba a la cadena reversa, i s’hi prediu un gen d’un sol exó que és homòleg d’EhSEP2 però amb una cisteïna. El Tcoffee obtingut és molt bo i les proteïnes trobades al Blastp amb la proteïna predita són sobretot TDI.

No s’ha trobat elements SeCIS amb SECISearch. Els resultats fan pensar en la presència de dos gens homòlegs d’EhSEP2 amb cisteïna en aquest scaffold, un a la cadena directa i un altre a la cadena reversa.

Hit 6

Tant Exonerate com Genewise fan una sola predicció en aquest scaffold. El gen predit es troba a la cadena reversa i està format per un sol exó en el qual s'ha produït un canvi de selenocisteïna de la query per cisteïna. El resultat del Tcoffee és curt però bo, i NCBI retorna proteïnes de la família de les TDI. L’estudi amb SECISearch no ha retornat cap element SeCIS. Es pot concloure que hi ha força probabilitat que aquest scaffold del genoma de P.capsici contingui un gen homòleg d’EhSEP2 amb cisteïna.

Hit 7

L’anàlisi amb Exonerate prediu un sol alineament que consisteix en un gen amb 3 exons i 2 introns, en el qual es canvia la selenocisteïna per cisteïna al segon exó. El Tcoffee obtingut és molt bo i el Blastp de NCBI retorna proteïnes de la família de les TDI. No s’ha trobat elements SeCIS en l’anàlisi de la regió amb SECISearch. Per tant, els resultats evidencien l'alta probabilitat de trobar un gen homòleg a EhSEP2 amb cisteïna en aquest scaffold.

Hit 8

Exonerate no troba cap alineament en aquest scaffold, en canvi Genewise sí que en troba un. L'alineament detectat a la cadena reversa prediu un gen d’un sol exó en el que s’ha canviat la selenocisteïna per cisteïna. El Tcoffee obtingut és curt però bo i el Blastp fet amb NCBI retorna proteïnes de la família de les TDI. SECISearch no ha trobat cap element SeCIS. Hi ha evidències, per tant, que en aquest scaffold s'hi troba un gen homòleg a EhSEP2 amb cisteïna.

Hit 9

L’anàlisi amb Exonerate d'aquest scaffold no dóna cap resultat, en canvi Genewise sí que detecta un alineament. Es prediu un gen d’un sol exó en el qual s’ha canviat la selenocisteïna per una cisteïna. El Tcoffee obtingut és bastant curt però bo i, el Blastp amb l’NCBI troba altres Disulfide Isomerases. No s’han detectat elements SeCIS en l’estudi amb SECISearch. Els resultats mostren que, amb alta probabilitat, en aquest scaffold hi trobem un gen homòleg a EhSEP2 amb cisteïna.

Conclusió

En conclusió, no s'ha trobat cap selenoproteïna d'EhSEP2 en P.capsici, sinó que tots els gens detectats són homòlegs amb cisteïna. Aquest fet coincideix amb l'absència d'elements SeCIS a les regions properes als gens detectats. Concretament, s'han predit 12 gens homòlegs a EhSEP2 repartits entre diferents scaffolds, i en tots ells s'ha canviat la cisteïna per una selenocisteïna.