Conclusions
L'objectiu d'aquest estudi és reportar la presència de les selenoproteïnes SelH i EhSEP2, així com de possibles homòlegs sense selenocisteïna, en catorze espècies de protistes. De cada organisme s'ha analitzat també el número de còpies i, per cada una d'elles, la corresponent estructura gènica. Els resultats obtinguts en les dues selenoproteïnes són completament diferents.
Pel que fa a SelH, s'han emprat 10 querys diferents amb les quals no s'han obtingut hits significatius per cap organisme excepte per F.cylindrus. En aquest últim, l'anàlisi amb les querys de P.tricornutum i A.anophagefferens ha permès predir una selenoproteïna.
D'altra banda, EhSEP2 es troba àmpliament distribuïda a excepció de S.rara, on no s'han obtingut hits estadísticament significatius. En la resta dels casos, la tendència general és trobar múltiples gens homòlegs repartits en diferents scaffolds d'un mateix genoma. En la majoria, la selenocisteïna de la query s'alinea amb cisteïna, tot i que a F.cylindrus s'hi han pogut detectar fins a quatre selenoproteïnes.
EhSEP2, en ser una Disulfit Isomerasa, presenta un domini tioredoxina -PW(C/U)GHC- que té acció catalítica. L'alineament múltiple realitzat entre tots els gens homòlegs a EhSEP2 predits en cada organisme, mostra que aquest motiu es troba molt conservat. Una altra observació interessant és que, en la majoria dels alineaments obtinguts, la seqüènica codificant predita s'alinea únicament amb la primera meitat de la query. Aquesta, però, és suficient per detectar altres gens homòloegs en la base de dades proteica de NCBI.
Dels múltiples casos que s'han estudiat amb EhSEP2, és especialement remarcable la presència a G.niphandrodes, S.arctica, P.polycephalum i D.fasciculatum de gens els quals, per splicing alternatiu, donen lloc a diferents isoformes a partir de determinades combinacions d'exons. D'altra banda, s'han trobat a F.cylindrus dues duplicacions, una de les quals consisteix en una duplicació conjunta de dos homòlegs (un amb selenocisteïna i l'altre amb cisteïna) entre dos scaffolds. Ambdues han estat corroborades mitjançant arbres filogenètics.
Per concloure, només s'han detectat selenoproteïnes a F.cylindrus, tant homòlogues d'EhSEP2 com de SelH. Contràriament, a A.rara no s'hi ha predit cap gen homòleg a les proteïnes estudiades. Tota la resta d'organismes presenten homòlegs amb cisteïna d'EhSEP2.