SelS
Per començar a treballar amb la selenoproteïna S vàrem consultar la pàgina de SelenoDB, una base de dades on podem trobar informació sobre totes les selenoproteïnes conegudes fins el moment. D'aquesta base de dades varem seleccionar la seqüència de la SelS de H. Sapiens (query 1) per comparar-la amb el genoma dels nostres protistes. En aquest cas els e-values obtinguts al fer l'anàlisis tblastn eren molt elevats i per aquest motiu no es van considerar com a significatius.
Per continuar el nostre estudi vàrem accedir als treballs de bioinformàtica d'anys anteriors per comprovar si SelS es trobava en alguna de les espècies estudiades. En cap de les espècies analitzades durant tots els projectes dels anys anteriors es va trobar aquesta família.
Seguidament vàrem decidir augmentar el nombre de querys incorporant divuit noves seqüències procedents de la base de dades SelenoDB (query2 (Bos taurus), query3 (Callithrixjaccus), query4 (Canis lupus familiaris), query5 (Cionaintestinalis), query6 (Daniorerio), query7 (Equuscaballus), query8 (Gallusgallus), query9 (Heterocephalusglaber), query10 (Macacamulatta), query11 (Pan troglodytes), query12 (Pongoabelii), query13 (Rattusnorvegicus), query14 (Salmo salar), query15 (Shistosomamansoni), query16 (Susscrofa), query17 (Taeniopygiaguttata), query18 (Xenopustropicalis)). En aquest cas, els e-values obtinguts en el blast tampoc eren significatius a la majoria dels casos, cosa que semblava indicar que cap de les espècies de procariotes presentava selenoproteïnes de la famíliaSelS. Tot i així, els organismes F.cylindrus, P.polycephalum, D.fasciculatum, D.discoideum_AX4, L.donovani, T.congolense, C.fasciculata i G.niphandrodes, tenien uns hits negatius, tot i que no massa significatius. Això ens dona evidencia d’una possible presencia d’aquesta proteïna. Malgrat els resultats, el mal alineament no ens permet arribar a extreure una proteïna mitjançant exonerate, per la qual cosa, llencem un genewise.En aquest cas, els resultats segueixen sense proporcionar informacióó sobre la presència d’aquesta família en els nostres protistes.
| Nom organisme | F.cyl | G.nipha | I.multifil | P.poly | D.fasci | D.discoi | L.donov | T.congo | C.fasci |
| Query1 | - | - | - |  |
|
|
- | - | - |
| Query2 | - | - | - | - | |
- | - | - | - |
| Query3 | - | - | - | - | |
- | - | - | - |
| Query4 | - | - | - | |
| - | - | - | - |
| Query5 | - | - | - | |
- | - | - | - | |
| Query6 | - | - | - | |
- | - | |
|
- |
| Query7 | - | - | - | |
|
- | - | - | - |
| Query8 | - | |
- | |
- | |
- | - | - |
| Query9 | - | - | - | |
- | - | - | - | - |
| Query10 | - | - | - | |
|
- | - | - | |
| Query11 | - | - | - | |
|
|
- | - | - |
| Query12 | - | - | - | |
|
- | - | - | - |
| Query13 | |
- | - | - | |
- | - | - | - |
| Query14 | - | - | - | - | - | - | |
- | - |
| Query16 | - | - | - | |
|
- | - | - | - |
| Query17 | - | - | - | - | |
- | - | - | |
| SelSmaster | - | - | |
- | - | - | - | - | - |
Davant aquests resultats, el següent pas va ser utilitzar una masterquery, obtinguda d'un consens de totes les seqüències de SelS conegudes procedents de diferents espècies. Després de dur a terme el mateix procediment que en els casos anteriors, s’obtenen E-values molt significatius per tretze dels catorze organismes procariotes.
En concret, a C. Fasciculata l'alineament obtingut era perfecte, tal i com veiem a l’imatge superior, indicant que la masterquery utilitzada correspon a la SelS d’aquest procariota.
A més, també trobem un bon alineament de la seqüència de S. Arctica on, tal i com veiem en la imatge superior, trobem un canvi de la selenocisteïna per una cisteïna. Per tant, en aquest cas, el que tenim no és una selenoproteïna, sinó una proteïna homòloga amb cistesïna.
Per confirmar la presència d’aquesta família en algun dels procariotes, el següent pas que vam realitzar va ser buscar els elements SECIs en els genomes dels diferents organismes. En aquest cas observem la presència d’aquest tipus d’estructures en el contig de C. Fasciculata on trobem la SelS, i en el contig de F. Cylindrus. A la imatge inferior es mostren l’estructura predita per aquests elements SECIS.
Davant aquest últim resultat, vam prosseguir a fer l’alineament de la hipotètica proteïna d’aquest procariota amb la nostra masterquery. Magrat tot, tal i com veiem en la imatge inferior, el resultat de l’alineament d’aquestes dos proteïes és molt limitat ja que només conté una part de la proteïna. Per tant, l’única idea que en podem treure es que pot tractar-se d’una selenoproteïna o pel contrari, d’un homòleg amb cisteïna.
Per finalitzar adjuntem una imatge del multialineament de les tres proteïnes comentades anteriorment.
