Conclusions


Nom organisme SelM SelS Sep15
F. cylindrus
P. capsici
A. Laibachii Nc14
G. niphandrodes
I. multifiliis strain G5
S. arctica
P. polycephalum
D.fasciculatum
D. discoideum AX4
L. donovani BPK282A1
L. tarentolae
T. congolense
C. fasciculata
A. rara

Família SelM

Després d’haver realitzat una profunda i minuciosa recerca de Selenoproteïnes en els protistes esmentats hem pogut confirmar que no existeix cap membre de la família SelM codificat en cap dels genomes estudiats. Tot i que el software SelenoProfile alinea com a SelM alguns fragments dels genomes de D.fasciculatum i D.discoideum_AX4, hem comprovat que realment aquests alineaments corresponen a membres de la família de Sep15. Aquesta conclusió ha estat assolida després de constatar que els fragments alineats presentaven el patró Cys-X-X-Sec en el domini redox propi de Sep15 que no es troba en la seqüència de les proteïnes SelM segons Ferguson AD et.al;.
Així doncs, cap dels protistes estudiats presenta selenoproteïnes de la família SelM però els organismes D.fasciculatum i D.discoideum_AX4 si que presenten selenoproteïnes de la família Sep15.

Família SelS

Després de portar a terme tot el procés, vam concloure que l’únic genoma que conté una selenoproteïna S es el de C.fasciculata. Això, ho corroborem amb la presència d’un element SECI al mateix contig, fet que avala la nostra hipòtesi. Per contra, a l’organisme S.arctica hem extret una proteïna homologa amb un residu Cis alineat amb la Sec de la nostra query. Per últim, el cas de F.cylindrus no està molt clar, degut a que detectem la presència d’ elements SECIS fet que podria fer pensar que podria haver-hi una selenoproteïna, però al obtenir una proteïna incompleta, l’alineament no és prou informatiu per afirmar-ho.

Maquinaria de síntesi de Selenoproteïnes

Per aprofundir en la recerca de selenoproteïnes en els genomes estudiats es va analitzar la presència de les biomolècules necessàries per a la síntesi de l’aminoàcid 21 selenocisteïna en aquests protistes: eEFsec, sps1 i sps2, pstk, secp43, SLA/PL i tRNAsec.
El fet que un protista presenti aquestes molècules codificades en el seu genoma indicarà que aquest serà capaç de sintetitzar selenoproteïnes tot i que podria ser que no en presentés cap. En canvi, organismes que no disposin dels enzims esmentats seran incapaços de sintetitzar-les i per tant, no haurien de presentar selenoproteïnes de cap de les famílies estudiades.
Per a aquest estudi s’han utilitzat com a query les proteïnes homòlogues als enzims esmentats de H.sapiens i s’ha duplica l’anàlisi amb l’homòleg d’una altra espècie: C.elegans, D.melanogaster o M.musculus. Amb els resultats per duplicat es va poder establir amb major certesa i més significança la presència o no d’aquests enzims en els genomes estudiats.

El programa emprat per a detectar la presència en els genomes de tRNAsec no presenta una fiabilitat suficient com per afirmar que els seus resultats siguin totalment correctes.
Entre els organismes estudiats, A. rara i G.ninphandrodes no presenten cap dels enzims estudiats codificat en el seu genoma, excepte tRNAsec que ha estat identificat en el genoma de G.ninphandrodes. Tot i així, no es pot descartar totalment que aquests organismes presentin alguna selenoproteïna.
En el cas concret de la fosfoseril-tRNAsec kinasa (PTSK) s’han obtingut resultats sorprenents ja que moltes espècies que si que presentaven la resta d’enzims han obtingut resultats negatius per a la PTSK. És el cas de F.cylindrus, A.laibachii, I.multifiliis, D.discoideum, L.donovani, L.tarentolae i T.congolese. Encara que els resultats siguin negatius, aquestes espècies haurien de presentar aquest enzim i probablement algun error en l’alineament ha conduit a aquests resultats. Tot i així, també podria ser que PTSK no sigui essencial en la síntesi de selenoproteïnes o que pugui ser substituïda per una altra kinasa cel·lular.