Phaeodactylum tricornutum
(e-value) |
|||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
En aquest cas, en executar el programa Exonerate hem obtingut resultats significatius per les querys eEFSec, sbp2 i SecS (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: eEFSec, sbp2 i SecS). Els alineaments mitjançant el TCoffee han estat bons amb un alt grau de similiaritat. Totes tres han donat també bons alineaments amb els possibles motius catalítics (motiu d'unió a GTP i SelB; Ribosomal-L7Ae i aspartat aminotransferasa (AAT) respectivament). La proteïna sbp2 obtinguda, però, és molt curta. No obstant, tot i que els valors obtinguts quan hem fet l'alineament amb el motiu catalític són bons, podem pensar que ens trobem davant d'una proteïna sbp2 funcional. També podem dir que eEFSec i SecS es troben en aquest genoma.
Per comprovar aquests resultats hem executat el programa GeneWise, que ens ha donat alineaments similars als de l'Exonerate. A més, també ens ha donat un alineament per a la pstk. Mitjançant el TCoffee, hem obtingut un bon valor de similiaritat entre la query pstk i la proteïna obtinguda i també hem pogut veure que el motiu catalític trifosfat hidrolasa es troba present en aquesta proteïna (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: pstk). No obstant, la proteïna obtinguda és molt curta, de manera que no podem afirmar que P. tricornutum tingui pstk en el seu genoma.
El GeneWise també ens ha reportat un alineament per a la query SECp43. Mitjançant el TCoffee, hem obtingut un valor de similiaritat alt entre la proteïna obtinguda i aquesta query i també hem vist que la proteïna obtinguda presenta el possible motiu catalític (RRM)(veure alineament múltiple amb els motius funcionals: SECp43). Per tant, això ens permet pensar que SECp43 sigui una proteïna de maquinària present i funcional en aquest organisme.