T-COFFEE, Version_8.99(Thu Feb 17 19:24:49 CET 2011 - Revision 594)
Cedric Notredame 
CPU TIME:5 sec.
SCORE=94
*
 BAD AVG GOOD
*
SecS      :  95
SecSAAT   :  97
A.tai     :  92
B.hom     :  95
C.mer     :  95
C.owc     :  95
E.sil     :  96
H.ara     :  92
N.gru     :  92
P.pal     :  94
P.tri     :  94
P.ult     :  95
S.par     :  95
T.tra     :  94
cons      :  94

SecS          1 MNRESFAAGERLVSPAYVRQGCEARRSHEHLIRLLLEKGKCP   42 
SecSAAT       1 ------------------------------------------    0 
A.tai         1 ------------------------------------------    0 
B.hom         1 ------------------------------------------    0 
C.mer         1 MDADLLEKARALADPAYVTVAEAARRSRTALFRQLLTQRRLL   42 
C.owc         1 ----------------------------------LSRQRKWP    8 
E.sil         1 -----------------TRKGRMHLFSYNTQVTALLSNRRLP   25 
H.ara         1 ---------------------------------------KLP    3 
N.gru         1 -----------LIQANHVKQALQAVNKQQKMYKTLLSQRQLP   31 
P.pal         1 ---------------------------------------KLP    3 
P.tri         1 ------------------------------------------    0 
P.ult         1 MNAKNAQLAEAFVAPTYVEQGLAAIRNREQLFTALLSQRRVP   42 
S.par         1 -----------FVDAAYIRQGSDALKSHEKKLTALLAQRKLP   31 
T.tra         1 MDEGNLKLAQEFLPEEYVRQGGVSLGGRARAVRSLLSQRQLP   42 

cons          1                                              42 


SecS         43 ENGWDESTLELFLHELAIMDSNNFLGNCGVGEREGRVASALV   84 
SecSAAT       1 ------------------------------------------    0 
A.tai         1 ---------------------NNACRVAGAGEREGRIFSPLV   21 
B.hom         1 ---------RLFLNDLSLMDSNNFLGNSGVGEREGRIAST-V   32 
C.mer        43 PQGLDEHTVRLLVDELAGLDANQFIDQANVGEREGRIYSELV   84 
C.owc         9 ELGWDEMSIELLLSDLAQMDSNNFPANIGAGEREARVYSDLV   50 
E.sil        26 TRGWDDAQIEYLLTEISLMDSNNFSENVGVGEREGRVYSGLV   67 
H.ara         4 ------------------------------GRRSWCSWPTL-   14 
N.gru        32 KEGFSDQQIESLLSFFASMDTNNYENHIGIGEREGRVFSKLV   73 
P.pal         4 DVGWDDNVIEWFINEISMMDSNNFIENIGVGEREGRLYSQIV   45 
P.tri         1 ---------------------------CGVGEREGRVYSALV   15 
P.ult        43 DDGWDEQTVELVLQSLAAMDSNNFRTNIGAGEREARVFSSLV   84 
S.par        32 EDGWDDLSIQVLLNDLAQMDSNNFAHNAGAGEREARVASSLV   73 
T.tra        43 RQGWNEASISAFLDELATMDSNNFADRAGVGEREARVFSPLV   84 

cons         43                                              84 


SecS         85 ARRHYRFIHGIGRSGDISAVQPKAAGSSLLNKITNSLVLDII  126 
SecSAAT       1 ------------------------------------------    0 
A.tai        22 YRRHFGMSHGIGRSGDIMALQPKAAGSSLINILSQYLVLDII   63 
B.hom        33 AKRHFYLAHGIGRAGDVAAIQ-KAAGSSLICELTRKMAVDFI   73 
C.mer        85 RARHFGMAHGMGRAGDLAASQPKACGASILVRLCAALLLDAL  126 
C.owc        51 ARRHFRMAHGIGRSGDIAAIQPKAAGSSLIMKLVNIMCLDVI   92 
E.sil        68 ARRNFRLSHGVGRSGDIAEVQPKAAGSSLLAKLTHALAKDAL  109 
H.ara        15 SRKTCCVWRGCEQYKR--------IG----------------   32 
N.gru        74 EKRHFYLSHGIGRSGELTSNQPKAAGSSIILQLCNYLVNHAI  115 
P.pal        46 ARRHFGLAHGIGRSGDINEQQPKAAGSSLIQKLTNYLVLDAL   87 
P.tri        16 SSRHFGLSHGVGRSGDIAEPQPKALGSTVLAKLTLCLVLDAV   57 
P.ult        85 AKRHFHLCHGVGRSGDVAAVQPKAAGSSLIVQLTNALAKDLL  126 
S.par        74 RNRCFHLAHGVGRSGDICAVQPKAAGSSLLVQLTNCLVLDML  115 
T.tra        85 ARRHFGLGHGVGRSGELAAVQPKAAGSSLMYKLANALVLHAL  126 

cons         85                                             126 


SecS        127 KL-AGVH---TVANCFVVPMATGMS-LTLCFLTLRH--KR-P  160 
SecSAAT       1 ------------------------------------------    0 
A.tai        64 RE-AGIK---SAAGCLVLPMATGMT-LHFCLSQFH-------   93 
B.hom        74 QT-CGIT---EVKDCIVLPLATGMS-ISMCLLSLRL--NN-P  107 
C.mer       127 HV-AGFR---SCRRVALLPIATGMA-MTLCLLALRW--QR-P  160 
C.owc        93 RL-AGVH---AANACIALPLATGMA-MVMTLLTLAQ--TRPP  127 
E.sil       110 RL-AGLG---NARACLVLPMATGMS-LALTFAALRA--AK-P  143 
H.ara        33 ------------------AACSDWDVAMLVLLQLKK--TR-P   53 
N.gru       116 QL-AGCK---NVKKSIVVPMCTGMT-LALCLRSLANSLEQ-P  151 
P.pal        88 RI-AGLE--KSIDACLVLPMATGMT-IALTLMTMRQ--TK-P  122 
P.tri        58 RRGSGLHPQTAAKSGILLPLCTGMS-MALVLGTLRQ--LQ-D   95 
P.ult       127 RE-AGLR---SITSALVLPVATGMS-LTLVLLTLRA--QK-P  160 
S.par       116 HL-AGIK---NAKSAIVLPVATGMA-LLFAMLTL--------  144 
T.tra       127 RL-AGMR---VAKKAIIVPTATGMA-LVLCLLALCE--SR-H  160 

cons        127                                             168 


SecS        161 KAKYIIWPRIDQKSCFKSMITAGFEPVVIENVL---EGD-EL  198 
SecSAAT       1 ------------------------------------------    0 
A.tai        94 QGSDILWSRIDQKSCFKAM-----------------------  112 
B.hom       108 TAKYVIWFRVDQKTCLKSILTTGLEPIIIDPVP---EGD-EL  145 
C.mer       161 AADRVLWIRIDQKACLKCIRAAGYQIDVLENKL---DGD-QV  198 
C.owc       128 SARKVLWLRIDQKSCIKAITACGFEVVVVDNAI---EGD-EV  165 
E.sil       144 AAKTIVWPRMDQKSCLKAIVAAGFTPIVVENLI---QGD-AV  181 
H.ara        54 AARYVIWPRVDQKSCFKAILAAGLTPLVLANCL--------L   87 
N.gru       152 NKKYVIWPRIDQQSVLKSIDTAGFTPIVIENVL---NEDGSI  190 
P.pal       123 KATYVLWPRIDQKSCLKSIVTASLTPIVIENQL---IDD-VI  160 
P.tri        96 NQNIVLWSRIDQKSCFKAIQSAGLECVVVPTRL---AGD-AV  133 
P.ult       161 DAKYVIWPRIDQKSCFKSILTAGLTPLVLENTLSE-DGD-QL  200 
S.par       145 ----------QQKSCFKSMVTAGLEPVVIENVL---DGD-EL  172 
T.tra       161 ARRYVIWPRIDQKTAFKAILTAGLTPLVVEPRKCPRGSD-AL  201 

cons        169                                             210 


SecS        199 RTDLKAVEAKVQELGPDCILCIHSTTSCFAPRVPDRLEELAV  240 
SecSAAT       1 --DLKAVEAKVQELGPDCILCIHSTTSCFAPRVPDRLEELAV   40 
A.tai       113 ------------------------------------------  112 
B.hom       146 NTNLGALREKLESIKREEILCIIPTTSVFAPRLPDDIVGVSK  187 
C.mer       199 VTDMEALEKRLAASDPSRYAAVISTTSCFAPRAPDRVVAIAQ  240 
C.owc       166 RTDLSALQHQVNTVGKDNILCIVSTTSCFAPRCPDRIVEIAK  207 
E.sil       182 ATDVDGVRAAVESCGAENVLCVVTTTSCFAPRLPDKVDEVAR  223 
H.ara        88 KTDLVGMAALMDQYGSESILAVSSTTSCFAPRAYDAVKEIAQ  129 
N.gru       191 EANLQSIESKIQQVGAENILCVLSTTSCFAPRVPDDVFEIGK  232 
P.pal       161 TTNLQTIEETIKSLGAENILCVMSTTSCFAPRIPDKIIEISE  202 
P.tri       134 VTDLDAFQASLLTYG-DRVLAVVTTTSCFAPRVPDQVDAVAR  174 
P.ult       201 RTDMDGLQRLIDAHRSGDVLAVLSTTSCFAPRGYDDVEAIAR  242 
S.par       173 RTDLAALEAKMRELGPENILCVLSTTSCFAPRGYDRVDEIAQ  214 
T.tra       202 VTDVDGVRAAIESVGADNVLCILSTTSCFAPRTPDKVVALAE  243 

cons        211                                             252 


SecS        241 ICANYDIPHIVNNAYGVQSSKCMHLIQQGARV--GRIDAFVQ  280 
SecSAAT      41 ICANYDIPHIVNNAYGVQSSKCMHLIQQGARV--GRIDAFVQ   80 
A.tai       113 ------------------------------------------  112 
B.hom       188 LAKEFSVPVIVNNAYGLQSGATCKAIDRAIRV--GRIDMLVS  227 
C.mer       241 LCARYGIPHLINHAYGVQSRRCNGLVCAACRL--GRVDAVIF  280 
C.owc       208 ICATESIPHVINNAYGIQSSKITALIQDAHKA--GRVDAFVQ  247 
E.sil       224 ICAASGVGHVINNAYGVQCSKTCRLVNRAMAV--GRVDAVVQ  263 
H.ara       130 LCQERNIAHVINNAYGVQASACVHQIDLAMRI--GRVDAVVQ  169 
N.gru       233 ICFKYGIGQVVNNAYGVQSKIIMERINKTIASSKSTITCFVQ  274 
P.pal       203 LCKKYDVGHVINNAYGLQCTKITHQISQSVRL--GRVDYVVQ  242 
P.tri       175 LCAEQCVPHVINNAYGLQSSDTSKLLNRACAV--GRVDAIVC  214 
P.ult       243 VCQTHDIAHVINNAYGVQASKCTHVVNQAMRV--GRVDAIVQ  282 
S.par       215 LCRQYDIGHVINNAYGLQSSKCTHLVNQAFRL--GRVDACIQ  254 
T.tra       244 LASEYGIGHVVNNAYGVQSRRCMGLLNEAARV--GRLDAFVQ  283 

cons        253                                             294 


SecS        281 SLDKNFMVPVGGAIIAGF-NDSFIQEISKMYPGRASASPSLD  321 
SecSAAT      81 SLDKNFMVPVGGAIIAGF-N----------------------   99 
A.tai       113 ------------------------------------------  112 
B.hom       228 STDKNMLVPVGGALVYSP-QSGMVDLVRKNYPGRASMSPILD  268 
C.mer       281 SFDKNFMVPVGGAGVAGT-SPTFIEAVESLYPGRASVAPVVD  321 
C.owc       248 SSDKNLMVPVGGALVAGH-DRAFIKRIGEMYPGRASAAPSVD  288 
E.sil       264 STDKNFLVPVGGAVVCGP-DATFIEQVGKSYAGRASSGPCLD  304 
H.ara       170 SLDKNFLVPVGGAIVCST-SSEIVDSVAKFYPGRASATPALD  210 
N.gru       275 STDKNFMVPVGGAVVSSGSDITFIDKVSKIYAGRASMTPILD  316 
P.pal       243 STDKNFMVPVGGAIVASP-LAENIDRLAKNYPGRASGAPILD  283 
P.tri       215 STDKNFMVPIGGAIVLSP-DESLIQNVGKVYAGRASASPMLD  255 
P.ult       283 SLDKNFMVPVGGAIVCAP-SAEMVASVSKCYPGRAAITPTLD  323 
S.par       255 STDKNFLVPVGGAVISVT-SGL-CTSDRQDV-----------  283 
T.tra       284 STDKNFMVPVGGAVVASA-NKAFVDAVSLLYPGRASAAPIVD  324 

cons        295                                             336 


SecS        322 VLITLLSLGSNGYKKLLKERKEMFSYLSNQIKKLSEAYN-ER  362 
SecSAAT     100 ------------------------------------------   99 
A.tai       113 ------------------------------------------  112 
B.hom       269 VFITLLSMGKRELRSVLKEREDCYQYLLDRLGEVAGRYK-QR  309 
C.mer       322 LFITLLQLGRDGFSGLLRERERRFQRFQAQLAPVLAKHG-ER  362 
C.owc       289 IFITLLSMGQQGFRSLLKQRKVVFEQLRAKLGAFAVSQG-ER  329 
E.sil       305 LFITLLSMGQEGWRRLLAERETLF------------------  328 
H.ara       211 FFITMLQMGKNGYRRLLEERKHLAAYMREKLEVLAAEEG-EH  251 
N.gru       317 LFITLLSMGKDGWEKLLAEREVLFQHFVSEIESKLTNTQ-SK  357 
P.pal       284 LFITLLSMGRAGYRRLLDERKQLLPYFIDEMSKVVKEVGVGR  325 
P.tri       256 LFITLCSMGLRGYQQLLTSRRILLPTFTERLKEVANKYG-ER  296 
P.ult       324 FFITMLQMGRKGYRQLLQERKTLAKYLQEQLQIVAHEVG-ER  364 
S.par       284 ------------------------------------------  283 
T.tra       325 LFITLLAMGEEGWTELLASRADVFGYAQAELAQVAERTG-LR  365 

cons        337                                             378 


SecS        363 L----LHTPHNPISLAMTLKTLDEH-----RDKAVTQLGSML  395 
SecSAAT     100 ------------------------------------------   99 
A.tai       113 ------------------------------------------  112 
B.hom       310 V----LRTPRNPISIAVT------------------------  323 
C.mer       363 L----LHTPDNPISFAISLEHTMLE-----GGIEPTAIGSML  395 
C.owc       330 L----LETPHNPISLG--------------------------  341 
E.sil       329 --------------------------------------GSML  332 
H.ara       252 V----LKVSTNEMTLATFCSEVE---DRQEKSRRLTLLGAML  286 
N.gru       358 FSLIRGSLQRNQISFALSIDLPK---------EEALKVGVSL  390 
P.pal       326 I----LNTQANTISFGIAIDSNDVS-KSVLAKDNISMIGSKL  362 
P.tri       297 V----LECRTNCISFGVTLDGLRTS-----VSRDVSSLGAML  329 
P.ult       365 V----LHVPFNEISFAMTLSTFSTASDARTKAQELTFFGAML  402 
S.par       284 ------------------------------------------  283 
T.tra       366 L----LDVRGNDISMALSLDALSSE--CGGDDDAVTMLGSML  401 

cons        379                                             420 


SecS        396 FTRQVSGARVVP--LGSMQTV-SGYTFRGFMSHTNNYPCAYL  434 
SecSAAT     100 ------------------------------------------   99 
A.tai       113 ------------------------------------------  112 
B.hom       324 ------------------------------------------  323 
C.mer       396 YARRCSGPRAVL--GTERRLV-QGVLLAGYGAHIADYPVPYL  434 
C.owc       342 ------------------------------------------  341 
E.sil       333 FTRCVSGTRVVP--REQHKCV-GGIDFNGYGASVTGYPHDYL  371 
H.ara       287 FSRGVCGA----------------------------------  294 
N.gru       391 FYRNCTGPRVVL--KGSSKTVLPHLSFVGYGSHTDSYPHHYI  430 
P.pal       363 FMRSCSGARVIDVQSGQKKSV-GNIDFKNYGSHIDNYPTSYL  403 
P.tri       330 FQRCVSGTRVVP--RGTVQRM-GGMEFCGFGSSHDAYPHAYL  368 
P.ult       403 FSRGVSGTRY--------------------------------  412 
S.par       284 ------------------------------------------  283 
T.tra       402 FVRSVSGARVVV--PSKTKTI-GPVTFAHYGSHSSASSEPYV  440 

cons        421                                             462 


SecS        435 NAASAIGMKMQDVDLFIKRLDRCLKAVRKERSKESDDNYDKT  476 
SecSAAT     100 ------------------------------------------   99 
A.tai       113 ------------------------------------------  112 
B.hom       324 ------------------------------------------  323 
C.mer       435 NLAAAIGIRDIDIERFCRRLDEVLGQVR--------------  462 
C.owc       342 ------------------------------------------  341 
E.sil       372 TAACAAGLSTEELDEFLIRLDKALRKAKA-------------  400 
H.ara       295 ------------------------------------------  294 
N.gru       431 TLACAIGIEKEEIESFLTLLN---------------------  451 
P.pal       404 TVACAIGITKEDIDLFSKRLKKV-------------------  426 
P.tri       369 TAACAIGLTASEGDDFFTRLDQTLHEFQKRQ-----------  399 
P.ult       413 ------------------------------------------  412 
S.par       284 ------------------------------------------  283 
T.tra       441 NVAAAIGMTSTDIDRFVVRFEKTLAAWRKAH-----------  471 

cons        463                                             504 


SecS        477 EDVDIEEMALKLDNVLLDTYQDASS  501 
SecSAAT     100 ------------------------D  100 
A.tai       113 ------------------------L  113 
B.hom       324 ------------------------L  324 
C.mer       463 ----------------------GTR  465 
C.owc       342 ------------------------M  342 
E.sil       401 ---------------------ERAE  404 
H.ara       295 ------------------------R  295 
N.gru       452 ------------------------K  452 
P.pal       427 ------------------------L  427 
P.tri       400 ---------------------RRRA  403 
P.ult       413 ------------------------V  413 
S.par       284 ---------------------PRSI  287 
T.tra       472 ---------------------ASPS  475 

cons        505                            529