Notes

A la primera columna de la taula, clicant sobre el nom curt de la proteïna podeu accedir a la seqüència predita. En alguns casos la seqüència anotada només és un fragment de la proteïna.

Els paràmatres avaluats s'expliquen a continuació:

Nom proteïna. Mostra el nom complet de la proteïna.

Localització. Mostra l'scaffold, seguit de la primera i l'última posició de la proteïna en el genoma de Pelodiscus sinensis.

Espècie. Mostra l'espècie a la qual pertany la proteïna utilitzada com a referència.

Sentit seqüència. Mostra el sentit de la seqüència.

Nº exons. Presenta el número d’exons trobats en l'anotació de cada proteïna.

Coverage. Presenta el coverage de la query que dóna coma resultat el programa Selenoprofiles. No obstant, en el cas de les proteïnes que s'han anotat manualment el coverage s'ha calculat a partir del ratio entre el fragment alineat i la llargada total de la seqüència, a falta d'una programa alternatiu al Selenoprofiles que el predigui. Aquests valors s'han marcat en el quadre amb un *.

Score. Mostra l'score que et dóna el programa t-coffee al correr la proteïna. Al picar sobre el nombre es pot veure l’alineament. La imatge de l’alineament no mostra l'score al que ens referim sinó un altre menys restrictiu.

Qualitat SECIS. Es presenta la qualitat de l'element SECIS trobat. Si hi ha un – vol dir que no s’ha trobat cap SECIS per aquella proteïna. Clicant-hi a sobre podeu accedir a l'output proporcionat pel SECISearch en el qual s'especifiquen més detalladament les característiques del SECIS

Metionina alineada. Mostra si la primera metionina de la proteïna del Pelodiscus sinensis s’alinea amb la proteïna de referència.

Stop codon. Presenta si s'ha trobat un codó d’stop en 3' de la regió predita com a codificant.

E-value. Mostra l'E-value del hit utlitzat que dóna com a resultat el tblastn.