Automatització

Malgrat que no es varen utilitzar durant el desenvolupament del projecte es van escriure diversos scripts en llenguatge Perl. Aquests scripts es van crear amb la intenció d'automatitzar processos que en un primer moment es van jutjar necessaris. Els deixem aquí per a que qualsevol persona interessada els pugui utilitzar i modificar amb total llibertat.

  1. UtoXreplacer.pl: Substitueix les Us (selenocisteïnes) per Xs. D’aquesta manera s’eviten els warnings del blast.
  2. selenodbdivider.pl: Divideix un multifasta en un fasta per a cada seqüència. Estava pensat per ser aplicat sobre el conjunt de selenoproteïnes del SelenoDB.
  3. selblast.pl: Automatització per fer diversos blasts contra un mateix genoma. Pensat inicialment per blastejar totes les selenoproteïnes del SelenoDB contra el genoma de P. sinensis.
  4. selblast.sh: Script en bash per enviar el selblast.pl a cues.

L'enfocament del projecte, que en un primer moment es basava en una cerca manual per homologia, ens va portar a intentar desenvolupar aquestes eines d'automatització. Però com que finalment vàrem decidir fer la cerca utilitzant el programa selenoprofiles i avaluar els resultats un a un manualment, no vàrem necessitar les eines d'automatització desenvolupades. Tot i així, creiem que constitueixen una part del procés que val la pena documentar.