RESULTATS
Sps - Phytophthora capsici
| Queries | Tblastn | Fastafetch | Fastasubseq | Exonerate | Genewise | cDNA | Proteïnes | T-coffee | Blastp | Secis |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A.gambiae |  |
|
|
|
 |
|
|
|
|
:[28376,28463].png) |
| H.sapiens | |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| P.marinus | |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| Resultats positius | | Resultats negatius |  | No resultats |
En aquest cas, el tblastn ha sortit significatiu tan amb la query de A.gambiae (e-value = 1-73) com per H.sapiens (e-value = 1-68) i per P.marinus (e-value = 1-61). Al realitzar l'anàlisi entre queries i genoma amb l'exonerate s'obté un bon alineament. Amb l'anàlisi mitjançant genewise les regions alineades han resultat ser curtes, i per això s'han escollit les regions alineades per l'exonerate. El cDNA s'ha extret i traduït correctament. En el t-coffee s'ha trobat per les queries d'A.gambiae i de P.marinus, que la selenocisteïna s'ha alineat amb una cisteïna, fet que indica que la proteïna de P.capsici es tracta d'un homòleg de cisteïna. El t-coffee d'H.sapiens no s'ha tingut en compte ja que la selenocisteïna no s'ha alineat amb la proteïna de P.capsici. El resultat del blastp per a les queries de H.sapiens i P.marinus ha surtit positiu, pel que molt probablement aquesta proteïna existirà al trobar homologia amb selenoproteïnes prèviament identificades. No obstant, per a la query de A.gambiae el resultat del blastp és negatiu. A més, aquest organisme presenta elements SECIS en el seu genoma.