RESULTATS
Sps - Ichthyophthirius multifiliis
| Queries | Tblastn | Fastafetch | Fastasubseq | Exonerate | Genewise | cDNA | Proteïnes | T-coffee | Blastp | Secis |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A.gambiae |  |
|
|
|
 |
|
|
|
|
|
| H.sapiens | |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| P.marinus | |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| Resultats positius | | Resultats negatius |  | No resultats |
En aquest cas, el tblastn ha sortit significatiu tan amb la query de A.gambiae (e-value = 2-41) com per H.sapiens (e-value = 2-48) i per P.marinus (e-value = 6-47.) Al realitzar l'anàlisi entre queries i genoma amb l'exonerate s'obté un nombre elevat de codons STOP, fet que fa inviable el subsegüent anàlisi. Amb l'anàlisi mitjançant genewise les regions alineades han resultat ser curtes. Com que veiem que la selenocisteïna s'alineava bé hem intentat seguir el procés amb l'alineament de l'exonerate per veure si podiem arribar a alguna altre conclusió. El cDNA s'ha extret i traduït correctament. En el t-coffee s'ha trobat per les queries d'H.sapiens i de P.marinus, que la selenocisteïna s'ha alineat amb un codó stop, fet que indicaria que la proteïna de I.multifiliis es tracta d'una selenoproteïna. No obstant, totes les proteïnes presenten varis codons stops, de manera que no es tracta d'un resultat amb significat biològic. El resultat del blastp per a totes les queries ha surtit positiu, pel que molt probablement aquesta proteïna existirà al trobar homologia amb selenoproteïnes prèviament identificades. Cal tenir en compte que la proteïna predita no és del tot correcte pel problema del codons STOP.