RESULTATS
Sps - Dictyostelium discoideum
| Queries | Tblastn | Fastafetch | Fastasubseq | Exonerate | Genewise | cDNA | Proteïnes | T-coffee | Blastp | Secis |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A.gambiae |  |
|
|
|
|
|
|
|
|
 |
| H.sapiens | |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| P.marinus | |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| Resultats positius | | Resultats negatius |  | No resultats |
En aquest cas, el tblastn ha sortit significatiu tan amb la query d'A.gambiae (e-value = 3-65) com per H.sapiens (e-value = 2-73 i per P.marinus (e-value = 3 -56.) Al realitzar l'anàlisi entre queries i genoma amb l'exonerate i genewise s'obté un bon alineament. El cDNA s'ha extret i traduït correctament. En el t-coffee s'ha trobat per cada una de les queries, que la selenocisteïna s'ha alineat amb un codó stop, fet que possiblement indica que la proteïna de F.cylindrus es tracta d'una selenocisteïna. El resultat del blastp per a totes les queries ha surtit positiu, pel que molt probablement aquesta proteïna existirà al trobar homologia amb selenoproteïnes prèviament identificades. No obstant, s'ha tingut en compte que si el programa treu un resultat positiu, l'element SECIS hi és segur, però pot haver molts falsos negatius. Per això s'hauria d'estudiar més detalladament aquest cas particular per confirmar o descartar que aquest microorganisme presenti la selenoproteïna Sps2.