RESULTATS
Sps - Leishmania tarentolae
Queries | Tblastn | Fastafetch | Fastasubseq | Exonerate | Genewise | cDNA | Proteïnes | T-coffee | Blastp | Secis |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
A.gambiae | H.sapiens | |||||||||
P.marinus |
Resultats positius | Resultats negatius | No resultats |
En aquest cas, el tblastn ha sortit significatiu tan amb la query de A.gambiae (e-value = 2-61) com per H.sapiens (e-value = 9-59) i per P.marinus (e-value = 4-61.) Al realitzar l'anàlisi entre queries i genoma amb l'exonerate s'obté un bon alineament. Amb l'anàlisi mitjançant genewise les regions alineades han resultat ser curtes, i per això s'han escollit les regions alineades per l'exonerate. El cDNA s'ha extret i traduït correctament. En el t-coffee s'ha trobat per les queries d'A.gambiae i de P.marinus, que la selenocisteïna s'ha alineat amb una cisteïna, fet que indica que la proteïna de L.donovani es tracta d'un homòleg de cisteïna. El t-coffee d'H.sapiens presenta una baixa homologia i per tant no s'ha tingut en compte, tot i que la selenocisteïna de la query s'ha alineat amb una cisteïna de la proteïna de L.donovani. El resultat del blastp per a totes les queries ha surtit positiu, pel que molt probablement aquesta proteïna existirà al trobar homologia amb selenoproteïnes prèviament identificades.Aquest organisme no presenta elements SECIS en el seu genoma.