Blastocystis hominis
(e-value) |
|||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Per aquest genoma i utilitzant l'Exonerate, només hem aconseguit valors significatius amb les querys eEFSec, SECp43 i SecS.
Pel què fa a eEFSec, hem obtingut uns valors de similiaritat destacables en l'alineament mitjançant el TCoffee entre la query i la proteïna obtinguda i, a més, quan hem alineat amb les regions funcionals (domini d'unió a GTP i domini SelB) hem pogut comprovar que s'han seguit alineant tal i com esperàvem (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: eEFSec).
La proteïna SECp43, en canvi, no presenta valors de similiaritat tan bons i, a més, no s'alinea en tota la seva llargada. No obstant, quan l'alineem amb el domini que hem pensat que pot determinar la funció de SECp43 (motiu RRM) queda força ben alineat. (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: SECp43 ). Per corroborar aquests fets, hem realitzat el GeneWise i, en aquest cas, també ens ha reportat una proteïna que no s'alinea en tota la seva llargada però on domini funcional es troba alineat correctament. Per això podem hipotetitzat que en el genoma de B. hominis SECp43 està present.
Els resultats de SecS han estat més satisfactoris que els de la proteïna anterior, ja que l'alineament resultant amb el TCoffee ha presentat un alt valor de similiaritat, tot i que la query que usem és més llarga. Quan hem comprovat l'alineament amb el motiu aspartat aminotransferasa (AAT) també hem obtingut un bon alineament, per això hem pensat que SecS sí que està present i funcional a B. Hominis (veure alineament múltiple amb els motius funcionals:SecS).
Utilitzant el GeneWise també hem obtingut alineaments per la proteïna sbp2. Tot i que l'alineament amb la query de sbp2 presenta valors de similiaritat molt baixos, l'alineament amb les regions que hem agafat com a rellevants (Ribosomal-L7Ae) és bastant bo. (veure alineament múltiple amb els motius funcionals:sbp2). Això ens ha fet pensar que ens trobem davant d'una regió molt conservada evolutivament i pensem que sbp2 en B. hominis sigui funcional.