Saprolegnia parasitica
(e-value) |
|||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
En aquest genoma, hem obtingut resultats significatius mitjançant l'Exonerate per les querys eEFSec, sbp2, SECp43 i SecS. En dur a terme el TCoffee, hem obtingut alineaments d'alta similiaritat entre aquestes querys i les diferents proteïnes obtingudes. A més a més, aquestes proteïnes presenten els motius catalítics corresponents en la seva estructura (unió a GTP i SelB; el motiu Ribosomal-L7Ae; l'RRM i l'AAT). No obstant, les proteïnes obtingudes corresponents a sbp2 i SECp43 són excessivament curtes, pel que no podem confirmar que S. Parasitica tingui sbp2 i SECp43 al seu genoma (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: eEFSec, sbp2, SECp43 i SecS). Sí que podem dir que probablement aquest organisme conté eEFSec i SecS.
Un cop utilitzat el programa GeneWise, els alineaments obtinguts ens confirmen allò que hem deduït mitjançant els resultats obtinguts de l'Exonerate ja que són molt similars. A més, però, l'alineament de SECp43 ha millorat, ja que ara la proteïna obtinguda és més llarga que abans i, per tant obre el debat de si ens trobem davant d'una proteïna de maquinària funcional o no. A més, el GeneWise ens ha reportat un alineament per la query de pstk però, tot i l'alt valor de similiaritat obtingut al fer el TCoffee, i la coincidència amb el que hem pensat que seria un bon motiu catalític (trifosfat hidrolasa), la proteïna obtinguda és excessivament curta i, per tant, no creiem que S. Parasitica tingui pstk en el seu genoma (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: SECp43 i pstk).