Naegleria gruberi

Query	tBLASTn extès	Hits (e-value)	Exonerate	Localització dels exons	cDNA	Proteïna	GeneWise	TCoffee	BLASTp
eEFSec	Veure	1e-70	Veure	Veure	Veure	Veure	Veure	Exonerate GeneWise	Exonerate GeneWise
pstk	Veure	2e-09	Veure	Veure	Veure	Veure	Veure	Exonerate GeneWise	Exonerate GeneWise
sbp2	Veure	1e-22	Veure	Veure	Veure	Veure	Veure	Exonerate GeneWise	Exonerate GeneWise
SECp43	Veure	9e-35	Veure	Veure	Veure	Veure	Veure	Exonerate GeneWise	Exonerate GeneWise
SecS	Veure	e-100	Veure	Veure	Veure	Veure	Veure	Exonerate GeneWise	Exonerate GeneWise
tRNASec	-	-	-	-	-	-	-	-	-

Per aquest genoma i utilitzant l'Exonerate, hem obtingut valors significatius per a totes les querys que teníem (eEFSec, pstk, sbp2, SECp43 i SecS). A més, totes les proteïnes obtingudes per a cada una de les querys s'alineen amb els motius catalítics corresponents (unió a GTP i SelB; el motiu trifosfat hidrolasa; Ribosomal-L7Ae; l'RRM i l'AAT respectivament). No obstant, quan hem dut a terme el TCoffee amb la pstk, l'alineament que hem obtingut és curt en relació als altres, ja que la proteïna obtinguda és molt curta (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: eEFSec, pstk, sbp2, SECp43 i SecS). Per aquest motiu, no podem confirmar que N. gruberi contingui pstk. No obstant, aquest genoma probablement sí que presenta les altres quatre proteïnes implicades en la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes.

També hem executat el programa GeneWise, que ens ha presentat valors similars als de l'Exonerate. Per aquest motiu, els hem descartat quedant-nos amb els que ja havíem obtingut.