Discussió SelP:
La Selenoproteïna P és una selenoproteïna que s'ha trobat únicament en vertebrats, com s'ha comentat en la introducció és una proteïna que té dos dominis; el primer conté des del primer aminoàcid fins a la segona Sec i la seva activitat consisteix en la gestió dels ROIs, el segón conté 9 Sec més, i la seva funció és el transport de seleni per la sang.
Això ja dóna una idea que segurament no es troba en uns organismes com els protists ja que no tenen la necessitat de transportar seleni; de fet en
NCBI i SelenoDB només existeixen seqüències de vertebrats amb tota la selenoproteïna sencera. També existeixen dos genomes d'organismes no vertebrats en aquestes bases de dades, un és S. kowalevskii (una ascídia, ancestre dels vertebrats) que només té conservada la primera part de la proteïna però no la segona (per veure l'alineament clica aquí) i també C. floridanus un equinoderm. El que ofereix NCBI com a Selenoproteïna P de C. floridanus no només no és SelP si no que tampoc és una selenoproteïna, donat que la seqüència proporcionada no conté cap selenocisteïna i, a més a més, no fa un bon alineament amb la selenoproteïna P d' H. sapiens ja que alinea la selenocisteïna amb un triptòfan (per veure l'alineament clica aquí).
A part d'això, com ja s'ha dit a l'apartat de resultats no es va trobar cap E.value significatiu mitjançant tBLASTN, però en el cas del tBLASTN de N. gruberi amb H. sapiens l'E-value era de 0.006 i hi havia una zona bastant gran d'homologia (per veure el tBLASTN clica aquí). Això també es va veure amb el tBLASTN contra S. kowalevskii, en que tot i que amb un E-value més alt (1,1) també corresponia aquesta zona d'homologia (per veure el tBLASTN clica aquí). Això va suggerir que potser el hit trobat amb N. gruberi podria ser un precursor de SelP en organismes protists.
Per comprovar això es va decidir fer un tBLASTN contra tota la base de dades de l'NCBI amb el resultat del tBLASTN fet entre SelP humana i el genoma de N. gruberi i el resultat va ser una predicció d'una proteïna en N.gruberi, el que ens va apunta a que la hipòtesi era errònia.
El següent pas per confirmar-ho va ser realitzar un tBLASTN amb la nova query contra tots els genomes dels protists per comprovar si hi havia algun E-value significatiu, el que podria no tancar del tot la hipòtesi inicial. El resultat (veure taula E-values) va ser negatiu també.
L'útim procediment que es va realitzar va ser fer un alineament múltiple mitjançant T-Coffee entre les querys utilitzades i N. gruberi per veure si realment no hi havia coincidència. Al alinear-ho es veia que l'alineament amb N. gruberi era molt pitjor que l'alineament sense N. gruberi
,amb el que es va decidir que SelP no tenia cap homòleg o homòleg en Cys en els organismes protists seleccionats i tampoc res que es poguès relacionar amb SelP.
