Resum
Les selenoproteïnes presenten dificultats a l'hora de ser anotades en els genomes donat que són codificades pel codó UGA. Aquest codó, normalment, codifica per un senyal de terminació però quan es donen un seguit de condicions, com la presència d'elements SECIS a l'extrem 3'UTR a eucariotes i una maquinària traduccional específica, codifica per una selenocisteïna. El nostre treball consisteix en cercar selenoproteïnes en genomes de protists que encara no han estat anotats. L’objectiu de l’estudi és la cerca in silico de les selenoproteïnes SelL, SelP i Sel15 en 13 espècies diferents de protists. Per a dur-ho a terme ens hem basat en l’estudi d’homologia entre seqüències de selenoproteïnes conegudes, alineaments locals i cerca de SECIS. Això ens ha permès predir Sel15 a S.parasitica i P. pallidum; i homòlegs en cisteína de Sel15 a N. gruberi, C. parvum i a P. ultimum. Per a SelL, hem trobat un homòleg en cisteïna a C. merolae. En canvi, els resultats de SelP no han estat afirmatius. Aquestes dades indiquen una gran distribució de les selenoproteïnes estudiades al llarg de l’evolució, deixant la porta oberta a següents investigacions necessàries en aquest camp.
Abstract
Selenoproteins make it difficult to annotate genomes because they are codificated by the codon UGA. This codon normally codificates for a termination signal but when some conditions (such as the presence of a SECIS motif downstream and specific translation machinery) take place, it codificates for a selenocysteine. The goal of our project is searching selenoproteins SelL, SelP and Sel15 through 13 not annotated protist genomes. To achieve that goal, we have based our method on the homology between known selenoprotein sequences, local alignments and the seek of SECIS motifs. This method has allowed us to predict Sel15 in S.parasitica and P. pallidum; and cysteine homologous of Sel15 in N. gruberi, C. parvum and in P. ultimum. We have also found a cysteine homologous of SelL in C. merolae. On the other hand, the results for SelP have not been positive. All the data obtained shows a wide distribution of the studied selenoproteins through evolution, this can lead to future research in this field.
Resumen
Las selenoproteínas presentan dificultades para ser anotadas en los genomas dado que son codificadas por el codón UGA. Este codón, normalmente, codifica para una señal de terminación pero cuando se dan una serie de condiciones, como la presencia de elementos SECIS en el extremo 3’UTR en eucariotas y una maquinaria traduccional específica, codifica para una selenocisteína. Nuestro trabajo consiste en buscar selenoproteínas en genomas de protistas que todavía no hayan sido convenientemente anotados. El objetivo del trabajo es la búsqueda in silico de las selenoproteínas SelL, SelP y Sel15 en 13 especies diferentes de protistas. Para ello hemos basado nuestro estudio en la homología entre secuencias de selenoproteínas conocidas, alineamientos locales y en la búsqueda de elementos SECIS. Todo esto nos ha permitido predecir Sel15 en S.parasitica y P. pallidum; y homólogos en cisteína de Sel15 en N. gruberi, C. parvum y en P. ultimum. Para SelL, hemos encontrado un homólogo en cisteína en C. merolae. En cambio, los resultados de SelP no han sido afirmativos. Estos datos muestran una gran distribución de las selenoproteínas analizadas a la largo de la evolución, sentando precedente para investigaciones venideras en este mismo campo.