T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:1 sec.
SCORE=75
*
 BAD AVG GOOD
*
B. taurus        :  83
N. gruberi       :  43
S. kowalvskii    :  57
P. troglodites   :  83
H. sapiens        :  84
S. scrofa        :  83
R. norvegicus    :  83
cons             :  75

B. taurus        MWRGLGLALALCLLLTGGTESQGQSSYCKQPPPWSIKDQDPMLNS
N. gruberi       MSNNQHDPST------SNIENQTKDPLQHEVASTQQPSVSTSLNS
S. kowalvskii    MGHQ-GMLLAALLSLATLVCSAPISPECPDGVLWSVNEETPMLAN
P. troglodites   MWRSLGLALALCLLPSGGTESQDQSSLCKQPPAWSIRDQDPMLNS
H. sapiens       MWRSLGLALALCLLPSGGTESQDQSSLCKQPPAWSIRDQDPMLNS
S. scrofa        MWRGLGLALALCLLSWGGTESQGKSSFCEQPPGWSIKDQDPMLNS
R. norvegicus    MWRSLGLALALCLLPYGGAESQGQSPACKQAPPWNIGDQNPMLNS

cons             * .      :          .   ..   :    .  .  . * .


B. taurus        YGSVTVVALLQASUYLCILQASRLEDLRVKLEKEGYSNISYVVVN
N. gruberi       QRRETE--------QLEVMQFLEMEDVLSKMDKQIEFNHSTLPQQ
S. kowalvskii    RGKVVVVALLQASUHFCLSQAEALEVLREKFLSQGMDEISFLVVN
P. troglodites   SGSVTVVALLQASUYLCILQASK-RSCRVKLKKEGYFHISYIVVN
H. sapiens       NGSVTVVALLQASUYLCILQASKLEDLRVKLKKEGYSNISYIVVN
S. scrofa        YGSVTVVALLQASUYLCILQASRLEDLRVKLEKEGYSNISYIVVN
R. norvegicus    EGTVTVVALLQASUYLCLLQASRLEDLRIKLENQGYFNISYIVVN

cons                 .          : : *    .    *: .:   . * :  :


B. taurus        HQGISSRLKYVHLKNKVSEHIPVYQQEENQPDVWT-LLNGNKDDF
N. gruberi       QQQ---TFNNTSSQNNSHRHSKTVQQQENQTTIPIQKVIQSKTED
S. kowalvskii    SKKLHSQFLIGHLHQRVS--FPVYQA-RYENDIWS-QLDGAKDDI
P. troglodites   HQGISSRLKYTHLKNKVSEHIPVYQQEENQTDVWT-LLNGSKDDF
H. sapiens       HQGISSRLKYTHLKNKVSEHIPVYQQEENQTDVWT-LLNGSKDDF
S. scrofa        HQGIASQLKYVYLKSKVSEHIPVYQQEENQTDVWT-LLNGNKDDF
R. norvegicus    HQGSPSQLKHAHLKKQVSDHIAVYRQDEHQTDVWT-LLNGNKDDF

cons              :     :     :..      . :  . :  :    :   * : 


B. taurus        LIYDRCGRLVYHL--------------------------------
N. gruberi       TCYQHVASLLVNLNDIKVSFDIMLGSSLSKQRLLSEVNSTMKVVS
S. kowalvskii    IVYDRCGKLVDHI--------------------------------
P. troglodites   LIYDRCGRLVYHL--------------------------------
H. sapiens       LIYDRCGRLVYHL--------------------------------
S. scrofa        LIYDRCGLLVYHL--------------------------------
R. norvegicus    LIYDRCGRLVYHL--------------------------------

cons               *:: . *: ::                                


B. taurus        -----------------------G---------------------
N. gruberi       KELDALILDIPSYNKVNNLSRESIIPMLRKNFNDFQTVQTIMFNN
S. kowalvskii    -----------------------R---------------------
P. troglodites   -----------------------G---------------------
H. sapiens       -----------------------G---------------------
S. scrofa        -----------------------G---------------------
R. norvegicus    -----------------------G---------------------

cons                                                          


B. taurus        -----LPYSFLTFTYVED--------------SIKTVYCEDKCGN
N. gruberi       VVNNVKDFNFYKFNYLTQLQILVNSLGDPLIIADRAAYNEDVYMN
S. kowalvskii    -----MPYSFLENDNVER--------------AIVSAYYENPCGR
P. troglodites   -----LPFSFLTFPYVEE--------------AIKIAYCEKKCGN
H. sapiens       -----LPFSFLTFPYVEE--------------AIKIAYCEKKCGN
S. scrofa        -----LPYSFLTFPYVEE--------------AIKTVYCENKCGN
R. norvegicus    -----LPYSFLTFPYVEE--------------AIKIAYCEKRCGN

cons                    :.*     :                :   .* *.   .


B. taurus        CSL------------------------KALE-DEDVCKN------
N. gruberi       YSAGVNLILVSITLLIIVPVMVIVLIITIGR-DNLFMDK------
S. kowalvskii    CEV------------------------VEPQVSEDLVTYEVNTSY
P. troglodites   CSL------------------------TTLK-DEDFCKR------
H. sapiens       CSL------------------------TTLK-DEDFCKR------
S. scrofa        CSL------------------------KTLK-DEDFCKN------
R. norvegicus    CSF------------------------TSLE-DEAFCKN------

cons              .                            . .: .         


B. taurus        ------------VFLA-----------------------------
N. gruberi       ------------LKKADAHVIIEVMEDDRLHILFKEFCKLNNQYS
S. kowalvskii    EGSGDIIDGDPLVYLIELEHEV-----E-------DLEKQ-----
P. troglodites   ------------VSLA-----------------------------
H. sapiens       ------------VSLA-----------------------------
S. scrofa        ------------VYLA-----------------------------
R. norvegicus    ------------VSSA-----------------------------

cons                         :                                


B. taurus        -------------------------------TKEK----------
N. gruberi       KVLFLEKVMLYKEQCEKVYDLH------------D---QIESLSD
S. kowalvskii    -------AL-ERQRVRNHSQTNSSDESQMVGQDEKNSESMESRED
P. troglodites   -------------------------------TVDK----------
H. sapiens       -------------------------------TVDK----------
S. scrofa        -------------------------------TEEK----------
R. norvegicus    -------------------------------TASK----------

cons                                               .          


B. taurus        ------------------------TAEASQRHHHPH------PHP
N. gruberi       VSGGEASKSLSHEVDILEAKKFELAFEIITE------FLDNDSES
S. kowalvskii    KSG-SASSEESKKYG---------STESKSGSFSSE------ESK
P. troglodites   ------------------------TVETPSPHYHHE------HHH
H. sapiens       ------------------------TVETPSPHYHHE------HHH
S. scrofa        ------------------------TTEAPQPHHHHDHHHHRHHHH
R. norvegicus    ------------------------TTEPSEEHNHHK------HHD

cons                                     : *                  


B. taurus        HHGHQLHENAHLSESP---KPDTP------------DTPENPP--
N. gruberi       FLGVKLLGGKRDIEKV---KKTFDEKSMNLPDKLFKSLQTNVA--
S. kowalvskii    QDGSRQSGSSEESKQDGSRQSGSS------------EESKQDGSR
P. troglodites   NHGHQHLGSSELSENQ---QPGAP------------NAPTHPA--
H. sapiens       NHGHQHLGSSELSENQ---QPGAP------------NAPTHPA--
S. scrofa        HHGHQHLGNGHLSEHP---KPEAP------------DAPEQPP--
R. norvegicus    KHGHEHLGSSKPSENQ---QPGAL------------DVETSLP--

cons               * .   . .  :     :                .        


B. taurus        PSGLHH--HHHRHKGPQRQGHSDNCDTPVGSESLQPSLP------
N. gruberi       VYLLQT---HKLFQAQQRRNREERKK-----NRLL-KL-------
S. kowalvskii    QFGS---SEESKQDGSRQSGSSEEKKK---DDDWW-KVEKWSSED
P. troglodites   PPGLHH---HHKHKGQHRQGHPENQDMP-GSEDLQD-L-------
H. sapiens       PPGLHH---HHKHKGQHRQGHPENRDMP-ASEDLQD-L-------
S. scrofa        PSGLHH---HHGHKGHQRQGHSENUDMPAGSESLQLSLP------
R. norvegicus    PSGLHHHHHHHKHKGQHRQGHLESUDMG-ASEGLQLSLA------

cons                       .   .. :: .  :  .     :     :       


B. taurus        ----QKKLURKRCINQLLUQFPKDSESALS-SCCCHCRHLVFEKT
N. gruberi       ----QK---------------------------------------
S. kowalvskii    KHSKEESHDKKS--------KDKDSLEATRKDWSSESDEDSFEKK
P. troglodites   ----QKKLCRKRCINQLLCKLPKDSELAPR-SCCCHCRHLIFEKT
H. sapiens       ----QKKLCRKRCINQLLCKLPTDSELAPR-SUCCHCRHLIFEKT
S. scrofa        ----QKKLURRGCISQLLCKFPKNSESALR-SUCUHCRHLIFEKT
R. norvegicus    ----QRKLURRGCINQLLCKLSEESGAATS-SCCCHCRHLIFEKS

cons                 :.                                       


B. taurus        GSAITUQCTEKLPSLCSUQGLLAEENVIESUQURLPPAAUQAAGQ
N. gruberi       ---------------------------------------------
S. kowalvskii    ---------------------------------------------
P. troglodites   GSAITUQCKENLPSLCSUQGLRAEENITESCQURLPPAAUQI-SQ
H. sapiens       GSAITUQCKENLPSLCSUQGLRAEENITESCQURLPPAAUQI-SQ
S. scrofa        ESAVTUQCGENLPSLCSUQGLLAEENVIESUQURLPPAAUQA-SQ
R. norvegicus    GSAITUQCAENLPSLCSUQGLFAEEKVIESCQCRSPPAAUH--SQ

cons                                                          


B. taurus        QLNPTEASTKUSUKNKAKMUKUPSN
N. gruberi       -----------------------HK
S. kowalvskii    -----------------------KK
P. troglodites   QLIPTEASTSUCUKNQAKKUEUPSN
H. sapiens       QLIPTEASASURUKNQAKKUEUPSN
S. scrofa        QLNPAEASTKUSUKNKAGRUKUPSN
R. norvegicus    HVSPTEASPNUSUNNKTKKUKUNLN

cons                                     :