Discussió SelL:
La Selenoproteïna L és una proteïna amb un domini catalític que es troba en proteïnes del tipus tioreduxina-like, aquest domini es caracteritza per tenir un motiu UxxU, que es correspon amb el domini tioreduxina de moltes proteïnes implicades en l'equilibri REDOX.
Com s'ha comentat en els resultats, en realitzar el tBLASTN contra els organismes protistes (per a veure la query clica aquí) no es va trobar cap resultat amb un E-value significatiu, però sí que es van trobar dos organismes protistes (C. merolae i C. owczarzaki) amb un bon alineament en la zona del domini catalític, que inclou un domini CxxC, el que podria significar un homòleg en cisteïna. La zona d'alineament correspon amb la zona que Shchedrina VA i cols (2007), proposen com a domini Prx_like de la Selenoproteïna L.
No només SelP té aquest domini, si no que és compartit amb altres selenoproteïnes com Sel U. Es va voler comprovar si es tractava d'un homòleg en cisteïna del SelL o simplement un homòleg en cisteïna del domini Prx-like.
El següent pas en la comprovació d'aquesta hipòtesi va ser fer un blastp dels hits aconseguits en l'alineament amb la base de dades de l'NCBI. El resultat del blastp contra la base de dades de NCBI va ser diferent en els dos casos.
En el cas de fer l'alineament amb la query resultant del tBLASTN (veure resultats) contra C. owkzarzaki és un alineament amb una selenoproteïna que, sorprenentment no era SelL si no SelU.
Això va fer tornar a plantejar la hipòtesi inicial, afegint que podria ser que fos un homòleg en cisteïna de la selenoproteïna U. Per a comprovar això es va realitzar un tBLASTN de SelU contra contra C. owczarzaki. Els resultats van ser significatius (E-value= 1*10-11), i hi ha correspondència en el motiu UxxU del SelU i amb el domini de CxxC de la proteïna amb el que es va decidir que, possiblement, el hit trobat en l'alineament amb C. owczarzaki es correspondria amb SelU i no amb SelL, pel que no hi ha cap SelL (ni el seu homòleg en Cys) en el protist C. owczarzaki i podria ser que fos un homòleg en Cys de SelU.
Per això s'ha posat el resultat del tBLASTN com a query al blastp d'NCBI i s'han obtingut resultats que ho alineen amb la SelU de G. gallus (E-value= 2*10-9) i amb la SelU de T. guttata (E-value= 2*10-8). Amb això podem concloure que el més plausible és que ens trobem davant d'un homňleg en cisteïna de SelU.
En el cas de C. merolae, l'alineament amb la query resultant del tBLASTN contra SelL (veure resultats) va donar un resultat al blastp que ja incloia l'NCBI, tot i que amb un mal E-value, la Selenopreoteïna de C. intestinalis. Es va agafar aquesta seqüència per a utilitzar-la de nova query per a seguir el procediment, ja que es reforça la hipòtesi que podria ser un homòleg en cisteïna.
Això dóna indici que podem estar davant d'un homòleg en cys de SelL, per a comprovar-ho es va realitzat un tBLASTN amb la query contra el genoma de C. merolae i el resultat va ser significatiu (3*10-4).
Això va fer pensar que aquesta query podia ser millor i podria fer canviar els resultats, però com es pot veure a la taula de resultats no va donar cap altre resultat significatiu tampoc.
L'alineament també es donava en el lloc del domini Prx-like.
El segon pas és fer un alineament amb Genewise per a veure si realment això és així. Amb aquest resultat, per a veure la similaritat entre els dos alineaments es va dur a terme un t_coffee entre les dues seqüències, l'alineament resultant va demostrar que tBLASTN havia fet un millor alineament en aquest cas donat que la zona d'alineament és més gran en el primer.
Com abans, un cop tenim la seqüència obtinguda de l'alineament obtingut pel genewise es va voler comprovar si, en aquest cas, en fer un blastp d'aquesta seqüència contra tota la base de dades de NCBI també obteniem el mateix resultat, també trobem un hit amb la SelL de C. intestinalis. Amb això pensem que es tracta d'un homòleg en cisteïna de SelL o que, potser, podria tractar-se d'un homòleg en Cys del domini Prx-like2 donat que no s'han trobat alineaments de la proteïna sencera.
Molts cops quan es trobem homòlegs en cisteïna es segueixen trobant els motius SECIS en la seqüència donat que estan conservats encara, però en aquest cas en realitzar una busca amb SECISearch no es va trobar cap resultat, pel que no hi ha cap indici que hagi estat una selenoproteïna.
Un cop haver arribat a conclusions respecte als organimes protists d'interés, es va plantejar veure quina relació tenien SelL i SelU per a donar aquests resultats. Per a comparar-ho el primer pas que es va realitzar va ser fer un alineament mitjançant t_coffee (per a veure'l clica aquí). Es veu que hi ha força conservació però que hi ha zones de poca conservació, també podem veure que hi ha una zona de SelL que no existeix en SelU que sembla que és més petita. En el referent al domini Prx-like2 només es troba relativament conservat.
Amb motiu de veure les relacions entre SelL i SelU i donat que dels dos resultats obtingut un va resultar ser un homòleg en Cys SelU (C. owczarzaki) i en l'altre un homòleg en Cys de SelLC. merolae es va realitzar un arbre filogenètic entre SelL i SelU de diferents organismes i aquestes dues proteïnes. L'arbre en qüestió és el següent:
Amb això podem inferir que sembla que SelU podria ser més recent que SelL, i es podria pensar que aquesta prové d'una duplicació de SelL ja que es troba en un cluster separat. Donada l'estructura de l'arbre també podem confiar més en els nostres resultats ja que C. owczarzaki es troba més aprop de SelU i C. merolae més aprop de SelL. Tot i que com que ambdues es troben en la part central de l'arbre i només s'ha aconseguit un molt bon alineament amb la part del domini Prx-like no podem afirmar amb total seguretat que siguin homòlegs en Cys de les selenoproteïnes L i U o només del domini.
Donat que no podem donar resposta en ferm a això creiem que en a un futur seria convenient estudiar la relació entre aquestes selenoproteïnes donat que semblen estar molt relacionades i cap de les dues ha rebut una atenció especial en la investigació de selenoproteïnes.
El grup Fy va trobar una selenoproteína amb motiu UxxU en l'organisme P. tricornutum , no és un domini corrent en les selenoproteïnes que acostumen a presentar dominis [CU]..[CU] en que en una de les dues posicions hi ha una C. En aquest cas trobem que SelL també té aquest domini (quelcom que la fa especial donat que és la primera selenoproteïna en que s'ha trobat ponts diselènids.
Això va fer pensar a ambdós grups que potser aquesta selenoproteïna trobada a P. tricornutum podria tenir relació amb SelL, per tant es va realitzar un aliniament amb t_coffee per a veure si hi havia alguna relació. El resultat d'aquest mostra que no hi ha relació aparent entre les dues selenoproteïnes donat que el seu alineament és dolent i no coincideix en la zona de les selenocisteïnes. La conclusió a priori és que no són proteínes relacionades i que en P. tricornutum la Selenoproteïna W ha patit un canvi d'una C per una U o quelcom similar.
