Discussió Sel15:
Tenint en compte la informació de l'apartat de resultats de la Sel15 se'n pot despendre la següent interpretació degut a les dades que
s'han obtingut. S'ha seguit el protocol (explicat a materials i mètodes) per poder determinar si les espècies contenien la
selenoproteïna 15, si eren homòlogues en cisteïna o si no la presentaven, encara que els hits no fossin gaire significatius. Per compendre els resultats
d'una manera més entenedora, s'examinaran els resultats de cada espècie.
1. Phaeodactylum tricornutum
Tot i que amb la query 3 hi havia un bon alineament i semblava que aquest prostist presentava un homòleg en cisteïna ja que, a més a més, estava a l'exó,
quan es va mirar al blast si era una seqüència reconeguda, no van haver cerques significatives. Per tant, es pot concloure que aquesta espècie no presenta ni
la selenoproteïna 15 ni el seu homòleg en cisteïna.
2. Hyaloperonospora arabidopsidis
En aquest cas l'alineament del genoma d'aquesta espècie amb la query 3 també era el que donava un E-value millor (C alineada amb C). Per tant, podia semblar
que H. arabidopsidis era un homòleg en cisteïna però, tot i sortir en un exó amb el Genewise, no donava similaritats significants al introduir la seqüència
d'aminoàcids al blast. Conseqüentment, es pot descartar que sigui un homòleg en cisteïna, ja que la seqüència no és suficient similar.
3. Pythium ultimum
Fent els tBLASTN de la seqüència amb les tres querys utilitzades donaven valors d'E-values significatius però el millor valor era amb la query 3.
Posteriorment, es va observar que la cisteïna estava alineada amb la cisteïna de la query 3 (i també amb les X de les altres dos querys) i que, a més a més,
estava present en un exó. Per assegurar que era una homòlga en cisteïna es va mirar si el blast reconeixia la seqüència. En aquest cas, els resultats van ser
positius i la màxima similaritat de la seqüència era amb la selenoproteïna 15. Per tant, es pot concloure que és una homòloga en cisteïna de la
selenoproteïna 15. A més a més, es va mirar si presentava SECIS al fragment 3'UTR però els resultats van ser negatius, confirmant que no presenta una
selenoproteïna.
4. Saprolegnia parasitica
Amb la query 2 i 3 hi ha E-values una mica significatius de l'alineament entre una X i un *, és a dir, un possible codon stop TGA (selenoproteïna) i entre
una C i un * amb la query 3. Per aquest motiu, es va continuar amb el procés però no va haver-hi resultats positius. Per saber si el codó de terminació era
un TGA o era un altre, es va utilitzar el programa ExPASy. Gràcies a aquesta eina es va poder concloure que era un TGA i que, per tant, podia ser una
selenocisteïna. Per poder confirmar aquesta hipòtesi es va dur a terme la cerca de SECIS i es van obtenir amb un valor bo (superior a 15). Per tant, tot i
que no s'ha pogut concloure que estigui en un exó amb l'Exonerate i el Genewise, sí que s'ha trobat certa similaritat significativa amb la selenoproteïna 15.
Es pot concloure que S. parasitica sí que conté la selenoproteïna 15, tot i que no surten E-values gaire bons, possiblement perquè les queries no són
suficientment bones per aquest protist. A més a més, presenta la maquinària necessaria per dur a terme el procès de traducció de la Sel15.
5. Ectocarpus siliculosus
Amb aquesta espècie es va observar un alineament cisteïna-cisteïna amb la query 3 però amb un E-value bastant dolent. Tot i així, per assegurar que no era un
homòleg en cisteïna es va dur a terme el Genewise i es va observar que estava en un exó però al comparar la seqüència amb el blast, no es va trobar cap
similaritat significativa. Per tant, E. siliculosus no presenta ni la selenoproteïna 15 ni un homòleg en cisteïna de la selenoproteïna 15.
6. Cryptosporidium muris
Amb aquesta espècie concretament no hi ha cap alineament, per tant, no es va continuar amb el protocol perquè no contenia ni un possible homòleg en cisteïna.
7. Cryptosporidium parvum
En aquest cas, hi ha un alineament entre la X de la query 1 i una cisteïna però amb un E-value elevat. En canvi, amb la query 3 hi ha un alineament entre 2
cisteïnes amb un E-value no gaire bo però millor que amb la query 1. Per poder descartar o no que és un homòleg en cisteïna es fa un Genewise i aquesta
seqüència que surt a l'exó s'introdueix al blast per mirar similaritats significants. Un dels resultats amb més significancia és que és una proteïna
hipotètica de C. parvum, és a dir, s'ha predit mitjançant programes informàtics. Per tant es pot concloure que és una possible homòloga en cisteïna.
8. Ascogregarina taiwanensis
Tot i que en aquest cas només s'alinea amb la query 3 amb un E-value molt dolent, s'ha continuat el protocol per descartar que sigui una homòloga en cisteïna
de la selenoproteïna 15. Amb el Genewise es pot determinar que està en un exó però quan es compara amb la base de dades de blast, no es troben similaritats
significants, per tant, es pot afirmar que no és una homòloga en cisteïna de la selenoproteïna 15.
9. Capsaspora owczarzaki
Aquesta espècie de protist, tot i presentar un alineament amb la query 2 i amb la 3, els E-value de tots dos són molt baixos. Tot i així es va continuar amb
el protocol però es va observar que de l'alineament amb la query 2 no estava a l'exó però que amb la query 3 sí. Per tant, es va mirar si Blast reconeixia la
proteïna, però no hi havia cap similaritat significativa. És a dir, es descarta que C. owczarzaki presenti un homòleg en cisteïna de la Sel15.
10. Polysphondylium pallidum
Es va fer l'alineament amb les 3 queries, però amb la query 1 és amb la única que donava un E-value molt bo alineant la X de la query 1 amb un asterisc (*)
que significa un codó de terminació. Es va fer un Exonerate i un Genewise i en tots dos casos donava la X a l'exó. Per tant, es va continuar el procés i es
va buscar similaritats de la seqüència al blast i es va trobar que era molt similar a la selenoproteïna 15, és a dir, P. pallidum presenta la
selenoproteïna 15. Per assegurar que aquesta selenoproteïna es podria transcriure es va cercar si hi havia SECIS. El resultat va ser positiu, confirmant la
presència de la selenoproteïna 15 i la seva transcripció. A més a més, també es va mirar si P. pallidum presenta al seu genoma la maquinària
necessària per transcriure les selenoproteïnes (en general, no concretament aquesta) i es va observar que sí que en contenien. Es van obtenir valors d'E-
value molt petits amb molta similaritat entre la query utilitzada (en aquest cas d'humans) i el genoma d'aquest protist. Això permet concloure que aquesta
espècie presenta la seqüència de la selenoproteïna 15 i que, a més a més, es transcriu gràcies a que presenta SECIS i la maquinària necessària per a la
síntesi de selenoproteïnes.
11. Cyanidioschyson merolae
En aquest cas es va observar alineament amb la query 3 tot i que l'E-value era dolent. Per tal de poder determinar si és un homòleg en cisteïna o no es va
fer el Genewise amb resultat positiu però quan es va introduir la seqüència al blast no es va trobar cap similaritat significativa. Aquests resultats
permeten concloure que C. merolae no conté Sel15 ni la homòloga en cisteïna.
12. Thecamonas trahens
Com en la majoria de les espècies de protists anteriors, hi ha un alineament amb la query 3 (C amb C) i la cisteïna està a l'exó però al cercar la seqüència
resultant al blast, no donen resultats significatius, per tant, es pot afirmar que no presenta ni la Sel15 ni homòloga en cisteïna.
13. Naegleria gruberi
Amb aquesta espècie es van obtenir bons resultats alineant el genoma del protist amb les 3 queries, però la proteïna de N. gruberi contenia cisteïna,
per tant, es va dur a terme el procés amb tots 3 alineaments (amb les 3 queries) per tal de poder determinar si aquesta espècie presenta un homòleg en
cisteïna de la selenoproteïna 15. En tots 3 casos la cisteïna està en un exó i, a més, si s'introdueix la seqüència al blast, es pot observar com presenta
una similaritat significativa amb la selenoproteïna 15. Per tant, es pot concloure que N. gruberi presenta un homòleg en cisteïna de la selenoproteïna
15.
A més a més, es va mirar si presentava SECIS perquè encara que no són necessaris per la transcripció d'una proteïna homòloga amb cisteïna, es volia observar
si encara els tenia. Els resultats van ser positius, és a dir, la proteïna homòloga en cisteïna a la Sel15 encara conté SECIS (tot i que el valor és baix,
inferior a 15).
Amb tota aquesta discusió es pot concloure que la Sel15 no és una proteïna essencial per a la vida dels protist, és a dir, que no fa una funció vital en
aquests organismes perquè només està present en poques espècies de protists.
