Sel15:
Per descarregar un arxiu comprimit amb tots els resultats obtinguts de la Sel15 premeu aquest botó:
T-coffee:
S'ha fet un t-coffee amb la seqüència nucleotídica on només s'han tingut en compte les
seqüències que contenien l'homòleg en cisteïna o la selenoproteïna en l'exó i s'han alineat amb les 3 queries
utilitzades durant tot el procés (amb excepció de S. parasitica que hi ha hagut problemes amb l'anotació del
genoma amb el genewise i exonerate i hem fet el t-coffee amb la seqüència obtinguda amb el tBLASTN).
Es pot observar
un bon alineament entre selenocisteïnes i homòlogues en cisteïna entre les diferents espècies de protists i les 3
queryies utilitzades. Tot i així, cal remarcar que hi ha algunes que no estan alineades on teòricament haurien
d'estar però són algunes que no presenten valors significants o els seus resultats no són del tot concloents amb
els programes utilitzats.
Queries:
Per dur a terme la cerca de la selenoproteïna 15 en els diferents genomes de protists es van
utilitzar 3 queries de diferents espècies de protists. La query 1 era
de D. purpureum i la query 2 d'E. huxleyi. Aquestes dues
presentaven una U en la seqüència d'aminoàcids (selenocisteïna). En canvi, la query 3 que era de d'A. anophagefferens era una homòloga en
cisteïna. Esporàdicament es va utilitzar la seqüència de la selenoproteïna 15 d'Homo sapiens però cap
resultat va ser suficientment significatiu i no es va utilitzar més.
Hits totals:
Número d'alineaments obtinguts amb el programa tBLASTN comparant una de les queries amb el
genoma de cada protist.
Hits d'interès:
Són els hits on hi ha un alineament entre una selenocisteïna o cisteïna de les queries i
una C o un * (codó stop). És a dir, són els hits que ens interessen perquè donaran informació sobre si aquesta
espècie conté la Sel15, si és homòleg en cisteïna o si no és cap de les dues opcions.
Millor E-value:
Per continuar el procès de cerca de la Sel15 en les 13 espècies de protists només s'han
utilitzat, dels alineaments d'interès, els que presenten millor E-value.
Score:
Puntuació obtinguda de l'alineament amb el millor E-value.
tBLASTN:
Només en els casos que hi ha almenys un alineament, encara que sigui poc significatiu.
Exó:
L'anotació dels exons es fa mitjançant la utilització de dos programes: genewise i/o exonerate. En
alguns casos s'han utilitzat tots 2, segons si els resultats amb un d'ells no era suficientment concluent. En
alguns casos, la seqüència d'interès no forma part d'un exó, per tant, queda descartada com a possible Sel15 o
homòloga. En altres, els resultats són positius i es continua mirant altres paràmetres importants.
SECIS:
La presència o absència de SECIS només s'ha comprovat si el protist presenta Sel15 o el seu homòleg
en cisteïna, tot i que aquest no cal que en presenti perquè no en necessita per traduir la proteïna homòloga en
cisteïna.
BLAST:
Per poder determinar si la seqüència trobada a l'exó s'assembla realment a la Sel15 s'ha cercat la
seqüència amb BLAST. D'aquesta manera es pot assegurar si la seqüència extreta
presenta similaritat significativa amb la Sel15 o no.
Resultat:
S'han obtingut 3 resultats diferents. Els genomes dels diferents protists poden presentar la
Sel15 o la seva homòloga en cisteïna o cap de les dues. En alguns casos els resultats no han estat tant concloents
com per poder afirmar-ho perquè els valors no eren suficientment significatius.
Podeu veure tots aquest resultats en una taula on podeu consultar, per cada espècie, els fitxers més rellevants que hem obtingut fent click a la imatge corresponent:
*Els resultats corresponents als SECIS es componen d'un fitxer comprimit que conté: la imatge de l'estructura del SECIS trobat i un document amb més informació, on podem veure el seu Score.
Maquinària:
Per assegurar que els protists que presenten la Sel15 la poden traduir, s'ha intentat determinar si contenen la maquinària necessària per dur a terme aquest procediment. Tot i així, cal remarcar que un resultat positiu vol dir que poden traduir selenoproteïnes, però no exclusivament la Sel15. En canvi, un resultat negatiu podria significar que no presenta la maquinària, per tant, que no pot traduir selenoproteïnes o bé que la query utilitzada no és suficientment propera. En aquest cas s'han utilitzat les queries de la maquinària d'humans. Els resultats obtinguts al buscar la maquinària en les espècies que presentaven selenoproteïna com a tal al genoma són els següents:
