BIOINFORMÀTICA, 
un curs d'anàlisi de seqüències

Identificació de l'assignatura

Coordinació i professorat

Objectius generals

1. Educar els estudiants de biologia en la comprensió i utilització dels mètodes d'anàlisi computacional de les seqüències biològiques.
2. Es farà particular èmfasi en els problemes de l'alineament de seqüències, recerca de similaritat en les bases de dades, i identificació de dominis funcionals en seqüències de DNA i proteïnes, i en l'anàlisi comparatiu de genomes.
3. Introduir els estudiants en el camp dels algoritmes i de la computació.
4. Introduir els estudiants en el sistema operatiu unix/linux i en la programació en el llenguatge perl.

Avaluació dels aprenentatges

Projectes (curs 2001-2002)

Projectes (curs 2002-2003)

Projectes (curs 2003-2004)

Projectes (curs 2004-2005)

Projectes (curs 2005-2006)

Projectes (curs 2006-2007)

Projectes (curs 2007-2008)

Projectes (curs 2008-2009)

Projectes (curs 2009-2010)

Projectes (curs 2010-2011)

Projectes (curs 2011-2012)

Projectes (curs 2012-2013)

Projectes (curs 2013-2014)

Projectes (curs 2014-2015)

Projectes (curs 2015-2016)

Projectes (curs 2016-2017)

Projectes (curs 2017-2018)

Projectes (curs 2018-2019)

Projectes (curs 2019-2020)

Projectes (curs 2021-2022)

Hores de consulta

Roderic Guigó: concertar amb un email a roderic.guigo at crg.cat

Robert Castelo: concertar amb un email a robert.castelo at upf.edu

Cedric Notredame: concertar amb un email a cedric.notredame at crg.cat

Toni Gabaldón: concertar amb un email a toni.gabaldon at crg.cat

Calendari de teoria

T1. Introducció a la Bioinformàtica

T2.Comparació de seqüències en el contex evolutiu

T3. Comparació de seqüències en el contex evolutiu

T4. Matrius de substitució

T5. Introducció a la programació dinàmica

T6. Introducció a la programació dinàmica

T7. Recerques de similaritat en bases de dades (BLAST)

T8. Recerques de similaritat en bases de dades (BLAST)

T9. Alineament múltiple de seqüències

T10. Alineament múltiple de seqüències

T11. Alineament múltiple de seqüències

T12. Reconeixement de patrons en seqüències

T13. Reconeixement de patrons en seqüències

T14. Reconeixement de patrons en seqüències

T15. Estadístics codificants

T16. Predicció de gens

T17. Recerca de selenoproteines en organismes eucariotes

Calendari de seminaris

S1. Unix I. Introducció al sistema operatiu UNIX

Professor: Robert Castelo

S2. Introducció als algorismes (I)

S3. Unix II. Comandes i manipulacions bàsiques d'arxius a UNIX

S4. Introducció als algorismes (II)

S5. Problemes d'algorismes (I)

S6. Unix III. Comandes i manipulacions avançades d'arxius a UNIX

S7. Problemes d'algorismes (II)

S8. Perl I. Perl bàsic

S9. Perl II. Perl bàsic

S10. Perl III. Vectors i processament de múltiples línies en Perl

S11. Perl IV. Programació dinàmica

S12. Recerques de similaritat en bases de dades (BLAST)

S13. Elaboració de pàgines Web

S14. Anotació de genomes (I)

S15. Anotació de genomes (II)

S16. Genome Browsers

S17. El Projecte ENCODE

S18. Long Non-Coding RNAs

Presentacio de Treballs

grup 101: 11:00h
grup 102: 12:00h
grup 103: 13:00h

Calendari de practiques

P1. Supervisió de Projectes (2h)

grup 101: 9 de novembre. 13:00h (61.307). Giovanni Asole, Sadoia Manzano, Guifré Torruella
grup 102: 8 de novembre. 15:00h (61.309). Hannah Benisty, Sergio Sánchez, Miquel Schikora, Tamara Perteghella
grup 103: 7 de novembre. 14:30h (61.309). Nadia Makarova, Xavier Hernández, Martina Cardinale, Jaume Reig

P2. Supervisió de Projectes (2h)

grup 101: 10 de novembre. 11:00h (61.329). Giovanni Asole, Sadoia Manzano, Guifré Torruella
grup 102: 14 de novembre. 16:00h (61.309). Hannah Benisty, Sergio Sánchez, Miquel Schikora, Tamara Perteghella
grup 103: 15 de novembre. 15:00h (61.309). Nadia Makarova, Xavier Hernández, Martina Cardinale, Jaume Reig

P3. Supervisió de Projectes (2h)

grup 101: 14 de novembre. 8:30h (61.309). Giovanni Asole, Sadoia Manzano, Guifré Torruella
grup 102: 18 de novembre. 13:00h (61.309). Hannah Benisty, Sergio Sánchez, Miquel Schikora, Tamara Perteghella
grup 103: 16 de novembre. 8:30h (61.309). Nadia Makarova, Xavier Hernández, Martina Cardinale, Jaume Reig

P4. Introducció al món Viquipedia (2h)

grup 101: 17 de novembre. 8:30h (61.309)
grup 102: 15 de novembre. 8:30h (61.309)
grup 103: 9 de novembre. 8:30h (61.309)

P5. Supervisió de Projectes (2h)

grup 101: 16 de novembre. 11:00h (61.307). Giovanni Asole, Sadoia Manzano, Guifré Torruella
grup 102: 21 de novembre. 8:30h (61.309). Hannah Benisty, Sergio Sánchez, Miquel Schikora, Tamara Perteghella
grup 103: 17 de novembre. 13:00h (61.309). Nadia Makarova, Xavier Hernández, Martina Cardinale, Jaume Reig

P6. Supervisió de Projectes (2h)

grup 101: 21 de novembre. 13:00h (61.309). Giovanni Asole, Sadoia Manzano, Guifré Torruella
grup 102: 22 de novembre. 8:30h (61.309). Hannah Benisty, Sergio Sánchez, Miquel Schikora, Tamara Perteghella
grup 103: 22 de novembre. 15:00h (61.309). Nadia Makarova, Xavier Hernández, Martina Cardinale, Jaume Reig

Assignació de treballs per grups

Per a cada grup hi ha indicat el nom i correu electrònic de la persona que oficialment us supervisarà el treball. Malgrat aquesta assignació, a les sessions de pràctiques us podeu adreçar a qualsevol de les persones que estiguin fent de supervisors. Els estudiants estan assignats als differents grups d'acord amb la informació facilitada per la secretaría de la facultat.

LLISTAT D'ESTUDIANTS (Subgrups):

Accés carpeta compartida (fs-aules)

Bibliografia General (llibres)

• Bioinformatics, David M. Mount, Cold Spring Harbour Laboratory Press, 2001.
• Bioinformatics Computer Skills, Cynthia Gibas and Per Jambeck, O'Reilly, 2001.
• Bioinformatics: A practical guide to the analysis of genes and proteins Andreas D. Baxevanis and B.F. Francis Oullete eds., John Wiley & Sons, 2005
• Bioinformatics for dummies Jean-Michel Claverie and Cedric Notredame, Wiley, 2003
• Fundamentos Informáticos de la Bioinformática Enrique Blanco, Editorial UOC, 2013
• Genómica Computacional Enrique Blanco, Editorial UOC, 2013

Documents accessibles a traves de Internet

• Algorithms for Molecular Biology by Naor and Shamir (Tel Aviv Univeristy)
• Algorithms in Molecular Biology by Karp, Ruzzo and Tompa (University of Washington)
• Guide to Sequence Search by Keith Robison (Harvard University)
• A list of Bioinformatics courses, by Wentian Li, Rockefeller University