BIOINFORMÀTICA,
un curs d'anàlisi de seqüències
Identificació de l'assignatura
Bioinformàtica. Teoria: 18 hores. Seminaris: 36 hores. Practiques: 12 hores
25 crèdits teòrics + 60 crèdits
pràctics
Coordinació i professorat
Coordinació: Roderic Guigó i Serra (teoria), i Robert Castelo (pràtiques); Professorat: Roderic Guigó, Robert Castelo, Cedric Notredame i Toni Gabaldón
Objectius generals
-
Educar els estudiants de biologia en la comprensió i utilització
dels mètodes d'anàlisi computacional de les seqüències
biològiques.
-
Es farà particular èmfasi en els problemes de l'alineament
de seqüències, recerca de similaritat en les bases de dades,
i identificació de dominis funcionals en seqüències
de DNA i proteïnes, i en l'anàlisi comparatiu de genomes.
-
Introduir els estudiants en el camp dels algoritmes i de la computació.
-
Introduir els estudiants en el sistema operatiu unix/linux i en la programació
en el llenguatge perl.
Avaluació dels aprenentatges
El 60% de la qualificació final s'obtindra a partir d'una prova
teòrica. El 40% restant s'obtindrà a partir de l'el.laboració
d'un treball pràctic, el qual consistirà fonamentalment en
la resolució d'un problema d'anàlisi de seqüències
genòmiques. La resolució del problema pot comportar la
implementació d'un petit programa en el llenguatge perl.
Hores de consulta
Roderic Guigó: concertar amb un email a roderic.guigo at crg.cat
Robert Castelo: concertar amb un email a robert.castelo at upf.edu
Cedric Notredame: concertar amb un email a cedric.notredame at crg.cat
Toni Gabaldón: concertar amb un email a toni.gabaldon at crg.cat
Calendari de teoria
Professor: Roderic Guigó
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Roderic Guigó
Professor: Roderic Guigó
Professor: Roderic Guigó
Professor: Roderic Guigó
Professor: Roderic Guigó
Professor: Roderic Guigó
Professor: Diego Garrido; Aida Ripoll; Didac Santesmasses; Roderic Guigó
Calendari de seminaris
Professor: Robert Castelo
Professor: Robert Castelo
Professor: Robert Castelo
Professor: Robert Castelo
Professor: Robert Castelo
Professor: Robert Castelo
Professor: Robert Castelo
Professor: Robert Castelo
Professor: Robert Castelo
Professor: Robert Castelo
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Toni Gabaldón
Professor: Toni Gabaldón
Professor: Toni Gabaldón
Professor: Toni Gabaldón
Professor: Roderic Guigó
Professor: Rory Johnson
Presentacio de Treballs
Professor: Roderic Guigó
Data: 3 de desembre
Calendari de practiques
P1. Supervisió de Projectes
grup 101: 8 de novembre. 13:00 (61.303). Miquel Schikora, Valentina del Olmo, Pablo Carrión
grup 102: 8 de novembre. 15:00 (61.329-331). Marina Marcet, Guifré Torruella, Miguel Rodríguez
grup 103: 10 de novembre. 8:30 (61.303). Diego Garrido, Silvia Pérez, Marina Ruiz, Vasilis Ntasis
P2. Supervisió de Projectes
grup 101: 11 de novembre. 16:00 (61.329-331). Miquel Schikora, Valentina del Olmo, Pablo Carrión
grup 102: 10 de novembre. 15:00 (61.329-331). Marina Marcet, Guifré Torruella, Miguel Rodríguez
grup 103: 12 de novembre. 11:00 (61.303). Diego Garrido, Silvia Pérez, Marina Ruiz, Vasilis Ntasis
P3. Supervisió de Projectes
grup 101: 18 de novembre. 15:00 (61.329-331). Miquel Schikora, Valentina del Olmo, Pablo Carrión
grup 102: 15 de novembre. 15:00 (61.303). Marina Marcet, Guifré Torruella, Miguel Rodríguez
grup 103: 16 de novembre. 15:00 (61.329-331). Diego Garrido, Silvia Pérez, Marina Ruiz, Vasilis Ntasis
P4. Introducció al món Viquipedia
Professor: Toni Hermoso Pulido, CRG. Bioinformatic especialista en web a biocore.crg.cat. Membre de WM-CAT (viquimedia.cat)
grup 101: 22 de novembre. 15:00 (61.329-331)
grup 102: 17 de novembre. 11:00 (61.303)
grup 103: 17 de novembre. 8:30 (61.303)
P5. Supervisió de Projectes
grup 101: 24 de novembre. 8:30 (61.303). Miquel Schikora, Valentina del Olmo, Pablo Carrión
grup 102: 23 de novembre. 15:00 (61.303). Marina Marcet, Guifré Torruella, Miguel Rodríguez
grup 103: 22 de novembre. 9:30 (61.303). Diego Garrido, Silvia Pérez, Marina Ruiz, Vasilis Ntasis
P6. Supervisió de Projectes
grup 101: 26 de novembre. 15:00 (61.303). Miquel Schikora, Valentina del Olmo, Pablo Carrión
grup 102: 25 de novembre. 15:00 (61.303). Marina Marcet, Guifré Torruella, Miguel Rodríguez
grup 103: 25 de novembre. 9:00 (61.303). Diego Garrido, Silvia Pérez, Marina Ruiz, Vasilis Ntasis
Assignació de treballs per grups
Per a cada grup hi ha indicat el nom i correu electrònic
de la persona que oficialment us supervisarà el treball. Malgrat aquesta
assignació, a les sessions de pràctiques us podeu adreçar a
qualsevol de les persones que estiguin fent de supervisors.
Els estudiants estan assignats als differents grups d'acord amb
la informació facilitada per la secretaría de la facultat.
LLISTAT D'ESTUDIANTS (Subgrups):
Subgrups estudiants Biologia Humana (UPF 2021)
Taula genomes i supervisor per cada grup
| Group |
Subgroup |
Supervisor |
E-mail |
Species |
| Grup 101 |
1 |
Miquel Schikora |
miquel.schikora@bsc.es |
Haplochromis burtoni |
2 |
Valentina del Olmo |
valentina.delolmo@bsc.es |
Pyrgilauda ruficollis |
3 |
Pablo Carrión |
pablo.carrion@ibe.upf-csic.es |
Hystrix brachyura |
| Grup 102 |
4 |
Marina Marcet |
marina.marcet@bsc.es |
Atractosteus spatula |
5 |
Guifré Torruella |
guifre.torruella@prof.esci.upf.edu |
Paroedura picta |
6 |
Miguel Rodríguez |
miguel.rodriguez@crg.eu |
Nanger dama |
| Group 103 |
7 |
Diego Garrido |
diego.garrido@crg.eu |
Ophiodon elongatus |
8 |
Silvia Pérez |
silvia.perez@crg.eu |
Glandirana rugosa |
9 |
Marina Ruiz |
marina.ruiz@crg.eu |
Centrocercus urophasianus |
10 |
Vasilis Ntasis |
vasilis.ntasis@crg.eu |
Otocyon megalotis |
Bibliografia General (llibres)
-
Bioinformatics, David M. Mount, Cold Spring Harbour Laboratory Press,
2001.
-
Bioinformatics Computer Skills, Cynthia Gibas and Per Jambeck, O'Reilly,
2001.
-
Bioinformatics: A practical guide to the analysis of genes and proteins
Andreas D. Baxevanis and B.F. Francis Oullete eds., John Wiley & Sons, 2005
-
Bioinformatics for dummies Jean-Michel Claverie and Cedric Notredame, Wiley, 2003
-
Fundamentos Informáticos de la Bioinformática Enrique Blanco, Editorial UOC, 2013
-
Genónimca Computacional Enrique Blanco, Editorial UOC, 2013
Documents accessibles a traves de Internet
Roderic Guigo
Serra
L'adreça d'aquesta pàgina: http://bioinformatica.upf.edu
Darrera Actualització: : Wed Oct 13 17:53:12 CEST 2021