BIOINFORMÀTICA,
un curs d'anàlisi de seqüències
Identificació de l'assignatura
Bioinformàtica. Teoria: 18 hores. Seminaris: 36 hores. Practiques: 12 hores
25 crèdits teòrics + 60 crèdits
pràctics
Coordinació i professorat
Coordinació: Roderic Guigó i Serra (teoria), i Robert Castelo (pràtiques); Professorat: Roderic Guigó, Robert Castelo, Cedric Notredame i Toni Gabaldón
Objectius generals
-
Educar els estudiants de biologia en la comprensió i utilització
dels mètodes d'anàlisi computacional de les seqüències
biològiques.
-
Es farà particular èmfasi en els problemes de l'alineament
de seqüències, recerca de similaritat en les bases de dades,
i identificació de dominis funcionals en seqüències
de DNA i proteïnes, i en l'anàlisi comparatiu de genomes.
-
Introduir els estudiants en el camp dels algoritmes i de la computació.
-
Introduir els estudiants en el sistema operatiu unix/linux i en la programació
en el llenguatge perl.
Avaluació dels aprenentatges
El 60% de la qualificació final s'obtindra a partir d'una prova
teòrica. El 40% restant s'obtindrà a partir de l'el.laboració
d'un treball pràctic, el qual consistirà fonamentalment en
la resolució d'un problema d'anàlisi de seqüències
genòmiques. La resolució del problema pot comportar la
implementació d'un petit programa en el llenguatge perl.
Hores de consulta
Roderic Guigó: concertar amb un email a roderic.guigo at crg.cat
Robert Castelo: concertar amb un email a robert.castelo at upf.edu
Cedric Notredame: concertar amb un email a cedric.notredame at crg.cat
Toni Gabaldón: concertar amb un email a toni.gabaldon at crg.cat
Calendari de teoria
Professor: Roderic Guigó
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Cedric Notredame
Professor: Roderic Guigó
Professor: Roderic Guigó
Professor: Roderic Guigó
Professor: Roderic Guigó
Professor: Roderic Guigó
Professor: Marco Mariotti; Diego Garrido; Roderic Guigó
Professor: Robert Castelo
S2. Introducció als algorismes (I)
Professor: Robert Castelo
S3. Unix II. Comandes i manipulacions bàsiques d'arxius a UNIX
Professor: Robert Castelo
S4. Introducció als algorismes (II)
Professor: Robert Castelo
S5. Problemes d'algorismes (I)
Professor: Robert Castelo
S6. Unix III. Comandes i manipulacions avançades d'arxius a UNIX
Professor: Robert Castelo
S7. Problemes d'algorismes (II)
Professor: Robert Castelo
S8. Perl I. Perl bàsic
Professor: Robert Castelo
S9. Perl II. Perl bàsic
Professor: Robert Castelo
S10. Perl III. Vectors i processament de múltiples línies en Perl
Professor: Robert Castelo
S11. Perl IV. Programació dinàmica
Professor: Cedric Notredame
S12. Recerques de similaritat en bases de dades (BLAST)
Professor: Cedric Notredame
S13. Elaboració de pàgines Web
Professor: Toni Gabaldón
S14. Anotació de genomes (I)
Professor: Toni Gabaldón
S15. Anotació de genomes (II)
Professor: Toni Gabaldón
S16. Genome Browsers
Professor: Toni Gabaldón
S17. El Projecte ENCODE
Professor: Roderic Guigó
S18. Long Non-Coding RNAs
Professor: Rory Johnson
Presentacio de Treballs
Professor: Roderic Guigó
Data: 2 de desembre (aula 61.212)
grup 101: 11:00h
grup 102: 12:00h
grup 103: 13:00h
Calendari de practiques
P1. Supervisió de Projectes (2h)
grup 101: 9 de novembre. 13:00h (61.307). Giovanni Asole, Sadoia Manzano, Guifré Torruella
grup 102: 8 de novembre. 15:00h (61.309). Hannah Benisty, Sergio Sánchez, Miquel Schikora, Tamara Perteghella
grup 103: 7 de novembre. 14:30h (61.309). Nadia Makarova, Xavier Hernández, Martina Cardinale, Jaume Reig
P2. Supervisió de Projectes (2h)
grup 101: 10 de novembre. 11:00h (61.329). Giovanni Asole, Sadoia Manzano, Guifré Torruella
grup 102: 14 de novembre. 16:00h (61.309). Hannah Benisty, Sergio Sánchez, Miquel Schikora, Tamara Perteghella
grup 103: 15 de novembre. 15:00h (61.309). Nadia Makarova, Xavier Hernández, Martina Cardinale, Jaume Reig
P3. Supervisió de Projectes (2h)
grup 101: 14 de novembre. 8:30h (61.309). Giovanni Asole, Sadoia Manzano, Guifré Torruella
grup 102: 18 de novembre. 13:00h (61.309). Hannah Benisty, Sergio Sánchez, Miquel Schikora, Tamara Perteghella
grup 103: 16 de novembre. 8:30h (61.309). Nadia Makarova, Xavier Hernández, Martina Cardinale, Jaume Reig
P4. Introducció al món Viquipedia (2h)
Professor: Toni Hermoso Pulido, CRG. Bioinformàtic especialista en web a biocore.crg.cat. Membre de WM-CAT (viquimedia.cat)
grup 101: 17 de novembre. 8:30h (61.309)
grup 102: 15 de novembre. 8:30h (61.309)
grup 103: 9 de novembre. 8:30h (61.309)
P5. Supervisió de Projectes (2h)
grup 101: 16 de novembre. 11:00h (61.307). Giovanni Asole, Sadoia Manzano, Guifré Torruella
grup 102: 21 de novembre. 8:30h (61.309). Hannah Benisty, Sergio Sánchez, Miquel Schikora, Tamara Perteghella
grup 103: 17 de novembre. 13:00h (61.309). Nadia Makarova, Xavier Hernández, Martina Cardinale, Jaume Reig
P6. Supervisió de Projectes (2h)
grup 101: 21 de novembre. 13:00h (61.309). Giovanni Asole, Sadoia Manzano, Guifré Torruella
grup 102: 22 de novembre. 8:30h (61.309). Hannah Benisty, Sergio Sánchez, Miquel Schikora, Tamara Perteghella
grup 103: 22 de novembre. 15:00h (61.309). Nadia Makarova, Xavier Hernández, Martina Cardinale, Jaume Reig
Assignació de treballs per grups
Per a cada grup hi ha indicat el nom i correu electrònic
de la persona que oficialment us supervisarà el treball. Malgrat aquesta
assignació, a les sessions de pràctiques us podeu adreçar a
qualsevol de les persones que estiguin fent de supervisors.
Els estudiants estan assignats als differents grups d'acord amb
la informació facilitada per la secretaría de la facultat.
LLISTAT D'ESTUDIANTS (Subgrups):
Subgrups estudiants Biologia Humana (UPF 2022)
Taula genomes i supervisor per cada grup
Group |
Subgroup |
Supervisor |
E-mail |
Species |
Grup 101 |
1 |
Giovanni Asole |
giovanni.asole@crg.eu |
Bettongia penicillata |
2 |
Sadoia Manzano |
manzano.saioa@gmail.com |
Sceloporus occidentalis |
3 |
Guifré Torruella |
guifftc@gmail.com |
Clinocottus analis |
Grup 102 |
4 |
Hannah Benisty |
hannah.benisty@crg.eu |
Hipposideros pendleburyi |
5 |
Sergio Sánchez |
sergio.sanchez.moragues@gmail.com |
Artemisiospiza belli |
6 |
Miquel Schikora |
miquelangel.schikora@irbbarcelona.org |
Bovichtus variegatus |
7 |
Tamara Perteghella |
tamara.perteghella@crg.eu |
Symphalangus syndactylus |
Group 103 |
8 |
Nadia Makarova |
na96mk@gmail.com |
Hyperoodon ampullatus |
9 |
Xavier Hernández |
xavier.hernandez@crg.eu |
Actenoides hombroni |
10 |
Martina Cardinale |
martina.cardinali@irbbarcelona.org |
Darevskia valentini |
11 |
Jaume Reig |
jaume.reig@crg.eu |
Tragulus kanchil |
Accés carpeta compartida (fs-aules)
Com accedir a la carpeta compartida a fs-aules (2022)
Bibliografia General (llibres)
-
Bioinformatics, David M. Mount, Cold Spring Harbour Laboratory Press,
2001.
-
Bioinformatics Computer Skills, Cynthia Gibas and Per Jambeck, O'Reilly,
2001.
-
Bioinformatics: A practical guide to the analysis of genes and proteins
Andreas D. Baxevanis and B.F. Francis Oullete eds., John Wiley & Sons, 2005
-
Bioinformatics for dummies Jean-Michel Claverie and Cedric Notredame, Wiley, 2003
-
Fundamentos Informáticos de la Bioinformática Enrique Blanco, Editorial UOC, 2013
-
Genómica Computacional Enrique Blanco, Editorial UOC, 2013
Documents accessibles a traves de Internet
Roderic Guigo
Serra
L'adreça d'aquesta pàgina: http://bioinformatica.upf.edu
Darrera Actualització: : Wed Oct 13 17:53:12 CEST 2021