Pythium ultimum
(e-value) |
|||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
En el cas de P. Ultimum i mitjançant l'Exonerate hem obtingut valors significatius per les querys eEFSec, SECp43 i SecS. En tots tres casos, els resultats del TCoffee ens mostren uns valors de similiaritat alts i com que també coincideixen amb els possibles motius catalítics de les querys (unió a GTP i SelB; l'RRM i l'AAT respectivament) podem pensar que ens trobem davant de proteïnes funcionals implicades en la síntesis de selenoproteïnes (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: eEFSec, SECp43 i SecS).
Per altra banda, hem realitzat alineaments amb el GeneWise per analitzar si, veritablement, pstk i sbp2 no es troben en aquest genoma. Aquest programa sí que ens reporta alineaments significatius per aquestes querys i, al fer el TCoffee amb les proteïnes obtingudes mitjançant el GeneWise, hem obtingut valors de gran similaritat (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: pstk i sbp2). També hem observat que les proteïnes obtingudes coincideixen amb els motius catalítics (el motiu trifosfat hidrolasa; i el motiu Ribosomal-L7Ae), però en el cas de pstk, aquesta proteïna és excessivament curta i, per a tant, no podem confirmar que aquest genoma tingui pstk. Per sbp2 sí que pensem que sigui una proteïna funcional.