Cyanidioschyzon merolae
(e-value) |
|||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
En aquest genoma podem observar alineaments significatius amb l'Exonerate i el Genewise per les querys eEFSec, SECp43 i SecS.
Com podem veure, en l'alineament del TCoffee per eEFSec, la proteïna que hem obtingut del genoma del protista presenta una similaritat molt alta. La regió que hem determinat com a essencial, el domini GTP_EFTU Elongation factor Tu GTP binding domain, estava inclosa en la proteïna que hem obtingut. Com hem pogut veure en l'alineament múltiple per eEFSec s'observa que s'alinea una regió d'uns 100 aminoàcids amb el domini GTP_EFTU d'humà. En el cas del domini II, que representa el domini del factor d'elongació SelB, homòleg al domini II de EF-Tu, no hi ha alineament (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: eEFSec). Tot i així, creiem que eEFSEc sí que conserva la funcionalitat i que, per tant, C. merolae conté aquesta proteïna en el seu genoma.
Pel que fa a SECp43, el TCoffee presenta un alineament amb un valor de similiaritat força bo, tot i que la proteïna alineada és més curta que la query. A més, el domini que hem pensat que pot determinar la funció de SECp43 (motiu RRM), queda força ben alineat amb la proteïna obtinguda. Hem realitzat el GeneWise per aquesta proteïna i, en aquest cas, també ens ha donat una proteïna força ben alineada (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: SECp43 ). Per això pensem que en C. merolae SECp43 segurament està present i és funcional.
Finalment, en el cas de SecS veiem un molt bon alineament en els TCoffees resultants de les proteïnes extretes amb Exonerate i amb Genewise. També trobem un bon alineament amb el domini que creiem rellevant per la funcionalitat de la proteïna, el domini Aspartate aminotransferase (AAT) (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: SecS). Per això, hem pensat que SecS sí que està present i funcional a C.merolae.