Ascogregarina taiwanensis
(e-value) |
|||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
En aquest protista només hem obtingut un alineament mitjançant l'Exonerate per a la query SecS. Mitjançant el GeneWise, però, hem obtingut dos alineaments, un per a la query SecS i un altre per a la query eEFSec. Com podem veure en l'alineament produït pel TCoffee, la proteïna que hem trobat del genoma del protista que hem estudiat presenta una similaritat molt alta però per contra és molt més curta. En obtenir aquests resultats hem decidit valorar si tot i ser tant curta podia seguir essent funcional comprovant si la regió que hem determinat com a necessària, el domini aspartat aminotransferasa (AAT), estava inclosa en la proteïna curta que hem obtingut. Com hem pogut veure en l'alineament múltiple per SecS no és així.(veure alineament múltiple amb els motius funcionals:SecS)
Hem executat el programa GeneWise per comprovar si els valors obtinguts difereixen dels reportats amb l'Exonerate per SecS. Aquest cop, obtenim una proteïna més llarga i que en el TCoffee segueix presentant uns bons valors de similaritat. A més, en aquest cas el domini AAT sí que queda mitjanament ben alineat amb la proteïna que hem obtingut del genoma d'A.taiwanensis (veure alineament múltiple amb els motius funcionals:SecS). Així doncs, hem pensat que per problemes amb l'Exonerate no hem aconseguit extreure bé la nostra proteïna però que sí que és probable que hi sigui.
Hem executat també el GeneWise per a totes les querys i hem obtingut un valor significatiu per eEFSec (a part de per SecS, que ja hem comentat anteriorment). Pel què fa eEFSec, en l'alineament que obtenim mitjançant el TCoffee, la proteïna obtinguda presenta una llargada semblant a la query, però una similiaritat més aviat baixa en la part central d'aquesta. Tot i això, s'alinea força bé amb els dos dominis que hem seleccionat com a “importants” (el d'unió a GTP i el de SelB) (veure alineament múltiple amb els motius funcionals: eEFSec). Per tant, hem hipotetitzat que A.taiwanensis presenta eEFSec al seu genoma.