Resultats i discussió
| Família selenoproteïna | Protist | tBlastn | U alineada | Selenoproteïna | Homòleg en Cisteïna | Exonerate | GeneWise | cDNA | Proteïna | tCoffee | SECIS |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SelH | T.pseudonana |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| P.sojae |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| P.ramorum |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| T.annulata |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| T.parva |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| B.bovis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| E.histolytica |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| E.terrapinae |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| T.cruzi |
|
C alineada amb C |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| M.brevicollis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| G.intestinalis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| SelI | T.pseudonana |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| P.sojae |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| P.ramorum |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| T.annulata |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| T.parva |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| B.bovis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| E.histolytica |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| E.terrapinae |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| T.cruzi |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| M.brevicollis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| G.intestinalis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| SelL | T.pseudonana |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| P.sojae |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| P.ramorum |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| T.annulata |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| T.parva |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| B.bovis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| E.histolytica |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| E.terrapinae |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| T.cruzi |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| M.brevicollis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| G.intestinalis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| SelN | T.pseudonana |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| P.sojae |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| P.ramorum |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| T.annulata |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| T.parva |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| |
| B.bovis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| |
| E.histolytica |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| |
| E.terrapinae |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| |
| T.cruzi |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| |
| M.brevicollis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| |
| G.intestinalis |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
torna a dalt
SelH
Per buscar selH es van fer servir les següents espècies:- De SelenoDB:
- De treballs d'anys anteriors:
- De NCBI:
En tots els organismes excepte en T.cruzi i M.brevicollis es van trobar hits significatius, però en cap dels casos la U estava alineada amb una U o una C. Per tant, no es va continuar amb el procés ja que es va descartar la possible presència de selenoproteïnes.
T.cruzi
El tBLASTn de T.cruzi va un donar un hit en què la C de la seqüència H3 de Drosophila Melanogaster estava alineada amb una C del genoma de T.cruzi amb un e-value de 0,088. Es va considerar aquest hit significatiu i es va procedir a fer l'exonerate.
L'exonerate no es va poder realitzar ja que el programa no llegia el contig com un exó. A continuació, es va fer genewise . El resultat d'aquest mostra el mateix alineament que el resultant del tBLASTn.
Per últim es va fer el T_Coffee per mirar d'obtenir un alineament global i determinar l'inici i el final de la proteïna. El resultat obtingut no va millorar l'alineament. Es va intentar allargar l'alineament manualment en els dos extrems, però tot i així no va donar resultat ja que les regions no eren homòlogues.
Per tant, és molt probable que es tracti d'una homòloga en Cys, però no se n'ha pogut predir la seqüència exacta, ja que l'obtinguda no comença amb Met. Això pot ser degut a que els programes utilitzats no hagin estat capaços d'alinear per falta d'homologia o bé podria ser que el contig estés mal anotat.
M.brevicollis
En aquest cas amb el tBLASTn vam obtenir un hit en què la U de la seqüència de Chlamidomonas Reinhardtii estava alineada amb un codó STOP. A més l'e-value obtingut era de 9e-14, per tant, es podria tractar d'una selenoproteïna. En fer l'exonerate el resultat obtingut va ser força bo ja que alineava la U amb el codó STOP obtingut anteriorment. Per contrastar el resultat anterior es va intentar fer genewise però no va alinear el tros que contenia la U de la selenocisteïna.
Seguidament, es va extreure el cDNA a partir del resultat obtingut amb exonerate i es va traduir a proteïna amb el programa fastatranslate. Amb la seqüència proteica es va fer el T_Coffee on les dues selenocisteïnes quedaven alineades.
La cerca de SECIS es va realitzar en mode default agafant 10000 nucleòtids a partir de la primera posició del gen.
torna a dalt
SelI
Per buscar selI es van fer servir les següents espècies:
- De SelenoDB:
- De treballs d'anys anteriors:
En fer el tBLASTn dels organismes anteriors es van observar hits significatius en totes les espècies excepte en P. sojae . Tot i que l'e-value era bo, en els alineaments o bé no s'hi trobava la U, o bé estava alineada amb aminoàcids diferents de U o C. Això podia estar degut al fet que les selenoproteïnes model utilitzades tenien la U al final de la seqüència. Per això, quan l'alineament s'acabava a prop de la U, tot i no incloure-la, es va fer exonerate i genewise per assegurar que no s'estava descartant una possible selenoproteïna que no era detectada per tBLASTn. Tanmateix, els l'alineaments amb l'exonerate o genewise continuaven sense alinear la U. Per tant, es va descartar la presència de selenoproteïnes en aquests organismes.
P.sojae
En P.sojae es va trobar un hit molt bo buscant contra la seqüència de Phytophthora infestans obtinguda del projecte de l'any 2007-2008. En aquesta espècie, com en les anteriors, la U no es trobava en l'alineament fet amb tBLASTn .Es va decidir agafar el millor hit, que presentava un e-value de 0,0, per continuar amb l'exonerate i el genewise.
Observant el resultat obtingut en l'exonerate es va veure que alineava la U amb un codó STOP TAG enlloc de TGA. Això ens va fer pensar que no es tractava d'una selenoproteïna. Tot i així, vam decidir fer el genewise el qual presentava molts codons STOP. A més, el T_Coffee tampoc arribava a alinear la U. Per tant, tots els resultats obtinguts corroboren el fet que no es tracta d'una selenproteïna.
Finalment, es va fer la cerca de SECIS i se'n van trobar dos utilitzant paràmetres molt flexibles (canonical and no canonical) i obtenint un score de 0, per tant, és molt probable que es tracti de falsos positius.
Així doncs, tots els resultats obtinguts corroboren el fet que no es tracta d'una selenproteïna.
torna a dalt
SelL
Per buscar selL es van fer servir les següents espècies:
- De la web de l'assignatura
Les seqüències model utilitzades en aquest cas presentaven dues U, és a dir, dues selenocisteïnes. En realitzar el tBLASTn en la majoria de casos es van obtenir hits no significatius o bé hits en què la U de les seqüència model no es trobava alineada ni amb una U ni amb una C. En aquestes espècies es va decidir no continuar amb l'anàlisi i descartar la presència de possibles selenoproteïnes.
M.brevicollis
En aquesta espècie es va trobar al fer tBLASTn un hit significatiu contra Tetraodon nigroviridis amb un e-value de 0,003. Aquest hit presentava una U alineada amb un codó STOP i l'altra alineada amb una Cys. A continuació es va fer exonerate i genewise però cap dels dos va donar resultat, ja que no s'alineava el tros que contenia les dues U. Es va intentar allargar el tros de contig a alinear però el resultat no va millorar. Per tant, per fer el T_Coffee la seqüència va ser introduïda manualment. En aquest cas l'alineament global obtingut mostrava la U alineada amb una de les U i l'altra amb una C. De manera que indicava la presència de d'una selenoproteïna i d'un homòleg en Cys. Per a confirmar-ho, es va introduir la seqüència de la proteïna predita pel tBLASTn en l'NCBI. Es va fer un BLASTp contra la base de dades de l'NCBI, i l'espècie amb la que es va trobar homologia va ser Tetraodon nigroviridis amb un e-value de 3e-20. L'alineament obtingut mostrava la selenocisteïna anteriorment alineada amb un codó STOP alineada amb una cisteïna. Això pot ser que degut a que en el genoma de Tetraodon nigroviridis la selenocisteïna estigui anotada com una cisteïna.
Finalment, mitjançant SECIsearch es va fer una cerca d'elements SECIS en la seqüència de proteïna predita. A partir de la cerca default(-3,7 -12,6) es va trobar l'element SECIS de la selenoproteïna.
torna a dalt
SelN
Per buscar selN es van fer servir les següents espècies:
- De SelenoDB:
- De treballs d'anys anteriors:
En totes les espécies en que es va estudiar la presència d'aquesta selenoproteïna, no es van trobar hits significatius en tBLASTn.
Els e-values eren molt grans i en la majoria la U no es trobava alineada. Davant d'aquests resultats, no es va continuar l'anàlisis.
torna a dalt
torna a la pàgina principal