Conclusions
Després d'una cerca metòdica i exhaustiva de les famílies de selenoproteïnes SelH, SelI, SelL i SelN, en els 11 genomes de protists del 2010, podem concloure que:
Pel que fa a l'anàlisi dels genomes de protists del 2009 podem concloure que:
- SelH
En el genoma de T.cruzi s'ha identificat un homòleg en Cys i en el genoma de M.brevicollis s'ha identificat una selenoproteïna i l'element SECIS corresponent.
- SelI
En aquesta família s'ha identificat una possible selenoproteïna en el genoma de P.sojae. En aquesta família però, tot i i obtenir hits significatius, els alineaments obtinguts amb tBLASTn i exonerate no alineaven el tros que contenia la U de la selenoproteïna model. Així doncs, fent un BLASTp contra la base de dades de l'NCBI es va observar que hi havia un enzim anomenat CDP-alcohol phosphatidyltransferase, que presentava un 98% d'homologia amb la selenoproteïna I i que no contenia cap U. Per tant, podem concloure que en els casos en que obteníem hits significatius però que no alineaven la U, es tractava d'aquest enzim.
- SelL
Com que les seqüències de SelL presenten dues selenocisteïnes s'han identificat una selenocisteïna i un homòleg en cisteïna en el genoma de M.brevicollis .
- SelN
En cap dels genomes de protists analitzats s'han identificat selenoproteïnes ni homòlegs en cisteïna per aquesta família. No obstant, podem dir que aquests resultats tenen sentit ja que s'ha vist que SelN està relacionada amb la funció muscular i l'embriogènesi. Per tant, és lògic no trobar SelN en el genoma de protists, els quals no presenten musculatura.
Pel que fa a l'anàlisi dels genomes de protists del 2009 podem concloure que:
- SelH
S'ha trobat una selenoproteïna amb el seu element SECIS corresponent en el genoma de A.anophagefferens. També s'ha identificat un possible homòleg en arginina en el genoma de E.tenella i una selenoproteïna en el genoma de E.huxleyi de la qual no s'ha pogut obtenir l'element SECIS. Cal dir que aquests resultats no concorden amb els resultats obtinguts en el treball que van realitzar l'any passat.
- SelI
No s'ha trobat cap selenoproteïna pel mateix motiu que s'ha explicat en les conclusions del 2010.
- SelL
S'ha trobat una possible selenoproteïna ja que el tBLASTn alineava la U amb un codó STOP. A més, el T_Coffee donava un alineament global bastant bo.
- SelN
No s'ha trobat cap selenoproteïna pel mateix motiu que s'ha explicat en les conclusions del 2010.