Fins fa relativament poc, s'ha considerat que el codó TGA codificava únicament per un senyal stop, de manera que moltes anotacions de genomes l'han considerat com a tal. Actualment se sap que el codó TGA també pot codificar per una selenocisteïna. És per això que aquesta assumpció pot comportar errors en molts dels genomes seqüenciats fins el moment, ja que s'ha assumit com a codó stop el que realment podria tractar-se d'una selenocisteïna.

L'objectiu d'aquest treball és la identificació de 4 famílies de selenoproteïnes conegudes en el genoma de 24 protists. En el nostre cas, les famílies a cercar han estat: SelH, SelI, SelL i SelN.

Per dur a terme aquest projecte, s'han buscat les seqüències de les selenoproteïnes corresponents a les nostres famílies mitjançant la base de dades selenoDB. Seguidament, mitjançant vàries eines informàtiques (BLAST, Exonerate, Genewise, T-Coffee) s'han comparat les selenoproteïnes conegudes amb els genomes dels protists facilitats a la web de l'assignatura de bioinformàtica per tal d'identificar-hi possibles selenoproteïnes homòlogues.

Agraïments

Agraïm l'ajuda de:

• Giovanni Bussotti
• Jamming Chang
• Jaime Huerta-Cepas

I especialment la dedicació de:

• Macarena Toll

Contacta'ns

• Helena Arumí: helena.arumi01@campus.upf.edu
• Marta Bombardó: marta.bombardo01@campus.upf.edu
• Cristina Borralleras: cristina.borralleras01@campus.upf.edu
• Marta Codina: marta.codina01@campus.upf.edu
• Alba Domènech: alba.domenech02@campus.upf.edu
• Maria Moscoso: maria.moscoso01@campus.upf.edu