Discussió

Huertas J, Iglesias E, Jané P, Jurado P, Puig T




Selenocysteine-specific elongation factor (eEFSec)

eEFSec forma part de la maquinària de síntesi de selenoproteïnes i la seva query l'hem obtingut del genoma del Mytois Lucifugus ja que estava ben anotada. Al ser una espècie molt pròxima al nostre ratpenat esperem trobar un gen homòleg.

Els resultats del blast es poden resumir amb l'obtenció de 5 scaffolds estadísticament significatius dels 16 totals. Hem escollit l'scaffold KB106856.1 (e-value e-125), de sentit contrari a l'anotació (reverse), basant-nos en el resultats del T-COFFEE (score 100), el qual mostra una gran homologia amb la totalitat de la query.

La predicció de la proteïna realitzada tant amb exonerate (raw score 2982) com en genewise (score 786.99 bits) resulta ser un gen de 7 exons i 6 introns. La proteïna resultant està formada per 597 aminoàcids.

Com era d'esperar, en la predicció d'elements SECIS ha estat negativa ja que no posseeix cap aminòacid SEC.

Així doncs, com era d'esperar, la maquinària codificada pel gen eEFSec està molt conservada entre espècies del mateix gènere donat a que és essencial per a la incorporació del Sec-tRNASec a les selenoproteïnes de nova creació.