Discussió

Huertas J, Iglesias E, Jané P, Jurado P, Puig T




Selenoproteïna O (SelO)

La Selenoproteïna O és una selenoproteïna que si que es troba anotada a selenoDB per a Myotis lucifugus, però degut a que aquestes no comencen per metionina (M), les hem descartat i hem utilitzat la query de la selenoproteïna de Homo sapiens.

El blast ens dona quatre hits, dos en el mateix sentit a l'anotació (+) i dos en el sentit contrari a l'anotació (-). Els hits són els següents: KB112774.1 i KB103229.1 en sentit +; KB105156.1 i KB112294.1 en sentit -. Dels 4 hits en total, hem considerat que la SelO es troba a l'scaffold KB112774.1 ja que presenta una alta homologia amb la query i una puntuació de tcoffee també bastant elevada.

L'exonerate ha predit dues proteïnes, encara que la segona seqüència obtinguda és massa curta i només conté 2 exons i 1 intró. El genewise ha predit una proteïna amb només un exò. Aquesta predicció cobreix només un fragment, pel que pot tractar-se d'una duplicació parcial del gen.

La proteïna correcta té 8 exons i 7 introns en l'exonerate, i una raw score de 2034. En el cas del genewise, també prediu una proteina de 8 exons i 7 introns, amb un score de 862.60 bits.

L'estructura predita amb l'exonerate presenta un codó stop a la mateixa posició que la selenoproteïna de la query (aminoàcid 667). L'estructura predita pel genewise no presenta els dos últims aminoàcids, degut a que pren la selenocisteïna com un codó stop. Deduïm així, que la selenoproteïna està conservada. Pel que fa al tcoffee, com ja hem dit, trobem una puntuació alta que reafirma la nostra hipòtesi de que l'estructura està ben conservada.

Pel que fa a la predicció d'elements SECIS, el SECISearch 3 ens prediu un element SECIS a la posició 3', que ens valida la teoria que SelO és una selenoproteïna en Myotis davidii. D'altra banda, SEBLASTIAN ens confirma que en el nostre subseq trobem SelO, mostrant l'homologia del nostre scaffold amb la Selenoproteïna O de Canis lupus familiaris. Trobar SelO en Myotis davidii concorda amb el resultat esperat, ja que és una selenoproteïna present en els animals propers filogenèticament Amb tota aquesta informació, podem predir l'estructura de la selenoproteïna: