Abstract:

Selenoproteins are proteins containing an uncommon amino acid selenocysteine (Sec). Sec is inserted by a specific translational machinery that recognizes a stem-loop structure, the SECIS element, at the mRNA 3'UTR region of selenoproteins. Generally, selenoproteins are misannotated because Sec shares the same codon as the STOP signal.

This work attempts to determine all selenoproteins in the genome of Myotis davidii and to find the selenoprotein synthesis machinery.

In order to develop our search, we have designed a program that automates the uses of tBLASTn, Exonerate, Genewise and T-COFFEE. Furthemore, we have used the online version of Seblastian programme. The integration of all those results lead us to the prediction of 21 selenoproteins, as well as its synthesis machinery.

Resum:

Les selenoproteïnes són unes proteïnes que contenen un aminoàcid poc comú, la selenocisteïna (Sec). Sec és insertat específicament per una maquinària traduccional que reconeix una estructura d’stem-loop, l'element SECIS, a l'extrem 3'UTR del mRNA de les selenoproteïnes. Generalment, les selenoproteïnes estan mal anotades ja que Sec comparteix el mateix triplet que la senyal STOP.

En aquest treball s'intenta determinar totes les selenoproteïnes de Myotis davidii i la presència de la maquinària de síntesi d'aquestes.

Per tal de realitzar la nostra cerca, hem dissenyat un programa que automatitza l'ús de tBLASTn, Exonerate, Genewise i T-COFFEE. A més, s'ha utilitzat la versió online del programa Seblastian. La integració d'aquests resultats han permès predir 21 selenoproteïnes i confirmar l'existència de la maquinària.