Maquinària


Hem realitzat el mateix procediment explicat a materials i mètodes per a la cerca de selenoproteïnes i l'hem aplicat per buscar maquinària de síntesi de selenoproteïnes (eEF-Sec, Pstk, SBP2, Sec p43, SLA/LP, SPS2, tRNAsec) contra els genomes analitzats. Podeu observar els resultats a la taula següent. El comentari sobre la presència o no de maquinària a cada genoma i la seva relació amb selenoproteïnes es troba en la discussió sobre cada un dels protistes. S'han considerat hits significatius aquells que tenen un e-value inferior a 0,0001. A més, per considerar que l'alineament ha sigut bo, hem establert que hi ha d'haver un compromís entre la llargada de les seqüències alineades en el T-Coffee i score obtingut. Per això, en alguns casos trobareu que el resultat és negatiu tot i que en el tBLASTn apargeguin hits amb un e-value significatiu.



eEF-Sec Pstk SBP2 Sec p43 SLA/LP (Sec S) SPS2 tRNA-Sec Selenoproteïna
A.laibachii Homòleg amb cys
A.rara
C.fasciculata Homòleg amb cys
D.discoideum
D.fasciculatum
F.cylindrus
G.niphandrodes
I.multifiliis
L.donovani Homòleg amb cys
L.tarentolae
P.capsici Homòleg amb cys
P.poplycephalum
S.arctica
T.congolense Homòleg amb cys


Hem trobat selenoproteïnes en el genoma de F.cylindrus i S.artica. En el primer dels quals hem trobat tota la maquinària, i en el segon cas trobem quatre tipus de maquinària, de les set estudiades. Tot i això, la nostra recerca es basava en la búsqueda de dues famílies determinades de proteïnes i la presència de maquinària no indica necessàriament la presència d'una d'aquestes famílies.


Hem trobat diferent nombre de proteïnes de la maquinària en funció de l'espècie de protista. Amb això, ens apareix el dubte sobre si aquestes proteïnes tenen una funció redundant i per tant, són prescindibles, o si bé, tenen una funció específica en la síntesi d'una família de selenoproteïnes. També pensem que es podria donar el cas que tinguéssin una funció desconeguda en la cèl·lula.



Menú