Resultats
En aquest pàgina podeu veure un resum dels resultats obtinguts en l'anàlisi dels genomes dels catorze protistes, després de la cerca de selenoproteïnes o homòlegs amb cisteïna. El procediment que hem seguit està explicat a l'apartat de materials i mètodes.
Podeu visualitzar els resultats de forma més detallada fent click als següents enllaços:
- Resultats per la família GPx
- Resultats per a la família FrnE
Tot i així, a continuació de la següent taula trobareu un petit resum que pretén donar una visió general de l'anàlisi realitzat.
Per últim, si accediu a la pàgina Maquinària podreu veure un quadre informatiu sobre la presència o absència de les proteïnes que constitueixen la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes, a cadascun dels genomes estudiats.
| GPx | FrnE | |
| A.laibachii | Homòleg amb Cys |  |
| A.rara | |
|
| C.fasciculata | |
Homòleg amb Cys |
| D.discoideum | |
|
| D.fasciculatum | |
|
| F.cylindrus |  |
|
| G.niphandrodres | |
|
| I.multifilis | |
|
| L.donovani | Homòleg amb Cys | |
| L.tarentolae | |
|
| P.capsici | Homòleg amb Cys | |
| P.polycephalum | |
|
| S.arctica | |
Homòleg amb Cys |
| T.congolense | Homòleg amb Cys | |
Visió general dels resultats
En aquest projecte hem estudiat la presència de dues famílies de selenoproteïnes, GPx i FrnE, en el genoma de catorze protistes seqüenciats recentment. Els nostres resultats mostren la presència de selenoproteïnes en alguns dels genomes (que comentarem detingudament més endavant) mentre que en d'altres trobem homòlegs amb cisteïna, així com també trobem genomes que no contenen ni selenoproteïnes ni homòlegs d'aquestes.
En els casos en què hem obtingut proteïnes homòlogues amb cisteïna a la selenoproteïna que buscàvem, pensem que els nostres resultats quadren amb el que hem llegit a la bibliografia sobre evolució per acumulació de mutacions en les seqüències, on en aquest cas, observem com s'ha canviat la selenocisteïna per una cisteïna.
1. GPx
Hem trobat selenoproteïnes en dos dels genomes analitzats:
F. cylindrus
Hem trobat cinc hits que reporten una selenocisteïna alineada amb la selenocisteïna de la query. En un dels casos hem arribat a la conclusió que es tractava d'un cas de dupliació recent de la proteïna, ja que les seqüències eren molt similars. Tot i que només en un dels casos s'ha trobat un element SECIS vàlid, i aquests són necessaris per a la incorporació de l'aminoàcid selenocisteïna a la proteïna, considerem que la falta dels elements podria ser degut a un error del programa. D'altra banda, en l'anàlisi de la maquinària hem comprovat que en el genoma de F.cylindrus apareixen tots els elements.
S. artica
S'ha trobat un hit amb una selenocisteïna alineada amb la selenocisteïna de la query. S'ha reportat un element SECIS vàlid. Pel que fa a la maquinària, no conté tots els elements que hem estudiat (en té quatre de set). No obstant, tampoc descartariem el hit per això, ja que no sabem si tota la maquinària és necessària per la síntesi d'aquesta família de selenoproteïnes en concret.
2. FrnE
F. Cylindrus
Hem identificat una selenoproteïna de la família FrnE. Així com elements SECIS vàlids. A més, F. Cylindrus, com ja s'ha comentat, té tota la maquinària que hem analitzat per la síntesi de selenoproteïnes en el seu genoma.