Pythium ultimum
(e-value) |
|||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
humana |
|||||||||||
humana |
|||||||||||
humana |
|||||||||||
P.sojae |
|||||||||||
Els alineaments que hem obtingut al fer el tBLASTn per a les diferents querys de TR contra el genoma de P.ultimum han estat molt significatius en els cinc casos (veure tBLASTn extès). No obstant, al afegir els filtres al tBLASTn, només hem obtingut hits significatius en quatre de les cinc querys (veure tBLASTn filtres). En tots aquests casos, la selenocisteïna present en les querys s'alinea amb un codó TGA, la qual cosa ens indica que hi ha una alta probabilitat que aquest codó correspongui a la selenocisteïna que estem buscant.
Un cop determinats els candidats a selenoproteïnes, hem extret les diferents regions genòmiques on es troba cada hit i hem dut a terme l'Exonerate. Com podem veure als fitxers adjunts (veure Exonerate), aquest programa duu a terme un alineament molt bo, on la selenocisteïna de la query es continua alineant amb un codó TGA en els quatre casos. També hem realitzat el GeneWise, però no dona un resultat tant bo com el d'Exonerate, ja que la selenocisteïna no s'alinea (veure GeneWise).
A continuació hem extret la seqüència exònica de cada regió genòmica mitjançant l'Exonerate i hem obtingut el cDNA i la seqüència aminoacídica corresponent (veure cDNA i proteïna). Aleshores, per saber si les diferents proteïnes obtingudes a partir de les quatre querys corresponen a la mateixa proteïna, hem mirat en quina regió cromosòmica es troben i hem fet un alineament múltiple d'aquestes mitjançant el programa TCoffee (veure). En aquest cas, les quatre proteïnes extretes es troben a la mateixa regió cromosòmica i, a més a més, al fer l'alineament múltiple hem vist que presenten un alt grau d'identitat (pràcticament del 100%) entre elles. Per aquesta raó, hem conclòs que les quatre proteïnes predites corresponen en realitat a la mateixa proteïna.
El TCoffee, l'hem realitzat pels resultats obtinguts amb l'Exonerate, ja que, com hem comentat, aquest programa ens dóna uns resultats molt bons. Tal i com es pot observar en els fitxers adjunts, el programa TCoffee ens reporta uns resultats molt significatius, ja que podem veure com totes les proteïnes extretes contenen una X que s'alinea amb la X de la query corresponent (veure TCoffe). Això ens indica que la proteïna trobada conté probablement una selenocisteïna i que, per tant, és, probablement, una selenoproteïna. En el cas de la query TR3, s'observa que aquesta presenta un domini a l'inici de la seqüència que no s'alinea gens amb la proteïna predita corresponent amb l'Exonerate. Segurament, el que ha passat és que la Thioredoxin reductase 3 humana s'ha especialitzat en alguna funció determinada que ve donada per aquest domini i que no trobem en la selenoproteïna de P.ultimum.
Un cop fet això, per determinar que la selenoproteïna trobada correspon a una proteïna de la família de TR, hem dut a terme un BLASTp d'aquesta proteïna contra una base de dades no redundant (NCBI). Aquesta aplicació ens ha confirmat que la selenoproteïna obtinguda correspon a una proteïna de la família Thioredoxin reductase(veure BLASTp).
Finalment, hem buscat elements SECIS a la regió 3' del gen que codifica per la selenoproteïna trobada i n'hem trobat dos executant el programa SECIS.bash, que inclou el programa SECISearch.pl. Com es pot veure en els fitxers adjunts, aquests elements es troben a 275 nucleòtids i 9727 nucleòtids a partir de l'extrem 3' del gen en concret. Com que normalment, els elements SECIS es troben a pocs nucleòtids de l'extrem 3' del gen, podem pensar que l'element SECIS corresponent a la selenoproteïna trobada és el primer (veure SECIS).