SelenoproteïnesEn genomes de protistes

En la taula següent es resumeixen els resultats obtinguts per a les dues famílies de selenoproteïnes (GPx i SelN) en tots els genomes dels protistes analitzats.

Tal com vem comentar a materials i mètodes, hem analitzat vàries proteïnes de cada família. Per accedir als resultats específics de cada una de les proteïnes feu clic a sobre del nom de la família proteica a la taula següent:

Família GPx

Als organismes A.taiwanensis, C.merolae, C.owczarzaki i E.siliculosus el tBLASTn no reportava cap hit amb un E-value estadísticament significatiu, de manera que descartem que al genoma d'aquests protistes hi hagi cap proteïna homòloga a la GPx humana i, per tant, no hem seguit l'anàlisi. D'altra banda, per acedir a les discussions dels organismes en els quals sí que hem obtingut resultats, feu clic sobre el mateix a la taula anterior.

Família SelN

En el cas de la família de selenoproteïnes SelN els resultats obtinguts no han permès predir l'existència de cap selenoproteïna o proteïna homòloga a SelN en cap dels protistes. El tBLASTn per aquests organismes no ens reportava cap hit amb un E-value significatiu, de manera que ja descartàvem l'execució de la resta de programes. Només en els casos de selN humana i de ratolí obteníem algun hit estadísticament significatiu, no obstant, el TCoffee de les proteïnes predites a partir d'aquests hits contra la query de SelN donava un score molt baix.

Tornar

Finalment hem realitzat un tBLASTn amb queries de la maquinària de síntesi de selenoproteïnes (les proteïnes eEFsec, SBP2, SecS i Secp43) contra tots els genomes analitzats. Els resultats es poden observar en la següent taula, on es mostren com a resultats positius aquells que han obtingut hits amb E-value inferior a 0,01 i com a negatius aquells en què no s'han obtingut hits o el seu E-value era superior a 0,01. També mostrem si en aquell organisme s'han trobat selenoproteïnes o homòlegs amb cisteïna.

Protista	Maquinària				Selenoproteïna
	eEFSe	SBP2	secp43	SecS
A.taiwanensis	9e-12			3e-12	NO
C.merolae	2e-20		7e-11	9e-111	NO
C.muris	4e-13	3e-9	2e-13		Homòleg amb Cisteïna
C.owczarzaki	2e-78	1e-26	5e-14	1e-77	NO
C.parvum	1e-13	4e-09	2e-13		Homòleg amb Cisteïna
E.siliculosus	2e-15		1e-15	7e-16	NO
H.arabidopsidis	3e-72		6e-18	9e-41	Homòleg amb Cisteïna
N.gruberi	1e-72	8e-23	1e-35	5e-99	Homòleg amb Cisteïna
P.pallidum	3e-101	2e-24	1e-13		Selenoproteïna
P.tricornutum	1e-96	5e-15	1e-10	1e-61	Selenoproteïna
P.ultimum	5e-86		1e-15	6e-119	Homòleg amb Cisteïna
S.parasitica	8e-69	3e-07	1e-20	1e-106	Selenoproteïna
T.trahens	3e-100	2e-24	9e-14	1e-119	Selenoproteïna

Tots els genomes de les espècies en les quals hem trobat selenoproteïnes tenen, com a mínim, quatre de les cinc proteïnes de la maquinària, excepte les espècies del gènere Plasmodium, que només en tenen tres (eEFsec, SecS i Secp43). No obstant, el fet de trobar maquinària no indica necessàriament la presència d'una determinada família de selenoproteïnes.
El fet d'haver trobat diferent nombre de proteïnes de la maquinària en funció de l'espècie de protista ens condueix a preguntar-nos si algunes d'aquestes proteïnes tenen una funció redundant i per tant són prescindibles o si fan una funció específica en la síntesi d'una família de selenoproteïnes. Per exemple, trobem eEFsec en tots els genomes estudiats i Secp43 en tots els genomes excepte en G.intestinalis. En canvi, SBP2, Pstk i SecS es troben de forma intermitent.

D'altra banda, no podem fer afirmacions definitives únicament a partir de les nostres dades. Caldria un estudi que inclogués les dades de la resta de grups respecte la presència de cada família de selenoproteïnes en els genomes per a poder arribar a conclusions rellevants. A més a més, trobem que en espècies properes filogenèticament, el tipus de maquinaria trobada està molt conservat, de la mateixa manera que passa amb les selenoproteïnes.

Tornar