HIT REGIÓ INICI FINAL E-value Alineament hit 0 gi|284095511|gb|GG738848.1| 531028 530558 1e-24 CIS hit 1 gi|284088760|gb|GG738879.1| 140762 141229 2e-18 CIS hit 2 gi|284084634|gb|GG738908.1| 225374 225910 4e-15 CIS hit 3 gi|284087318|gb|GG738888.1| 156239 155892 5e-14 NULL hit 4 gi|284087318|gb|GG738888.1| 156438 156331 5e-14 CIS hit 5 gi|284093529|gb|GG738855.1| 514602 514036 7e-14 CIS hit 6 gi|284094017|gb|GG738853.1| 556426 556701 2e-10 NULL hit 7 gi|284094017|gb|GG738853.1| 556265 556345 2e-10 NULLNo obstant, en fer l'Exonerate observem que tots els hits obtinguts en el tBLASTn alineen la selenocisteïna de la nostra query amb una cisteïna, fins i tot aquells hits que no mostraven aquesta regió a l'alineament del BLAST, això ens fa pensar que hem trobat homòlegs amb cisteïna de la Gpx en aquest organisme. A més, també veiem que aquells hits que es trobaven en la mateixa regió (hits 3 i 4 i hits 6 i 7) presenten raw scores idèntics i tenen la mateixa llargada, fet que ens fa sospitar que cada parella de hits dóna lloc a la mateixa proteïna.
Tot i que els resultats de l'Exonerate són bons, fem també un Genewise per cada hit per tal de contrastar els resultats i observem que són molt similars.
Finalment, un cop obtenim els cDNAs de cada proteïna predita, fem un TCoffee de la proteïna traduida (fastatranslate) contra la nostra query i obtenim un bon score per tots els hits.
D'altra banda, a causa a que tant els hits 3 i 4 com els hits 6 i 7 es trobaven en la mateixa regió genòmica i, a més a més, els resultats obtinguts al analitzar-los eren pràcticament idèntics vam decidir fer un TCoffee amb les proteines obtingudes en els dos casos. El TCoffee per les proteïnes predites a partir dels hits 3 i 4 presenta un score de 100, per comprovar que es tracta de la mateixa proteïna fem un blastp d'ambdues proteines i observem que ens troba la mateixa seqüència blast.
Pel que fa als hits 6 i 7, ens trobàvem en la mateixa situació de manera que vam fer el mateix que en el cas anterior; primer un TCoffee dels dos hits en el qual obteniem un score de 100; i després, un BLASTp per cadascuna de les proteïnes obtingudes i el resultat que obtenim és la mateixa proteïna.
La conclusió a la qual arribem, tenint en compte que els hits no és solapen és que potser es tracta de diferents exons de la mateixa proteïna. Per comprovar aixó, simplement vam alinear els dos hits obtinguts amb el tblastn (hits 3 i 4 i hits 7 i 8) amb els exons predits per l'exonerate i vam veure que cadascun d'ells corresponia a un exó de la proteïna predita.
Pel que fa als elements SECIS, en aquest organisme n'hem predit en dues de les regions analitzades. A més, una d'elles correspon al hit1, la qual presentava un score < 90 en el TCoffee, és a dir, no esta gaire conservada. L'altra regió que presenta elements SECIS és la que correspon al hit 1, la qual, tot i no contenir una selenoproteïna (es tracta d'un homòleg en cisteïna), no ha perdut els elements SECIS. Abmdos elements SECIS trobats presenten una energia lliure d'aproximadament -17.
