Introducció

Selenoproteïnes

Les selenoproteïnes formen un grup de proteïnes que incorporen l'aminoàcid número 21, la selenocisteïna (Sec), un anàleg de cisteïna que conté seleni enlloc de sofre. Aquest aminoàcid ve codificat pel codó UGA, que normalment s'interpreta com stop codon. En eucariotes, aquesta recodificació és possible per l'estructura secundària que adquiereix l'mRNA gràcies a un motiu en cis situat al seu 3'-UTR, anomenat element SECIS (SElenoCystein Insertion Sequence).

Esquema general i exemples d'elements SECIS de diverses selenoproteïnes. Extret de Kryukov GV, et al.

La síntesi de selenocisteïna requereix proteïnes específiques com són la selenofosfat sintetasa (SPS1 i SPS2), la selenocisteïna sintasa (SLA/LP), la fosfoseril tRNA quinasa (PSTK) i la proteïna associada a selenocisteïna (SECP43). Per altra banda, la incorporació de l'aminoàcid precisa l'acoblament d'un conjunt de factors específics que actuen en trans (SBP2, eEFsec, un tRNA específic).

Esquema general del procés de síntesi de selenocisteïna en eucariotes. Extret de Allmang C, et al.

Tot i que el seleni és un nutrient essencial en animals, microorganismes i altres eucariotes, la funció de les selenoproteïnes no sempre és clara. En humans s'ha associat la deficiència de seleni amb la malaltia de Keshan, trastorn en què destaca una necrosi miocàrdica que porta a debilitat cardíaca (Lobanov AV, et al.).
La majoria de selenoproteïnes són enzims redox que semblen actuar com a antioxidants on la selenocisteïna és el residu catalític (és altament nucleofílic). Existeixen ortòlegs que incorporen cisteïnes enlloc de selenocisteïnes, tot i presentar menors activitats catalítiques (amb algunes excepcions, com sempre en biologia). Tenint en compte que S i Se tenen la mateixa configuració electrònica a les darreres capes de valència (per això es troben al mateix grup de la taula periòdica) sembla comprensible que ambdós elements siguin relativament intercanviables en els aminoàcids d'aquestes proteïnes.

Trobem selenoproteïnes als 3 dominis de la vida, però no en totes les espècies d'eucariotes, arquees i bacteris. Destaca l'absència de selenoproteïnes a fongs i plantes superiors, així com l'abundància en organismes aquàtics, especialment algues (Lobanov AV, et al.).

GPx

Família de Glutatió Peroxidases. Són la principal defensa enzimàtica antioxidant en humans. Aquests presenten vuit proteïnes homòlogues s'aquesta família. Cinc d'elles, selenoproteïnes.

Proteïna Localització Funció
GPx1 Ubiqua Reducció d'hidroperòxids dependent de glutatió
GPx2 Gastrointestinal Desconeguda
GPx3 Plasma Desconeguda
GPx4 Ubiqua Redueix peròxids de fosfolípids i colesterol
Maduració esperma-relació amb fertilitat masculina
GPx6 Epiteli olfactori i embrions Desconeguda

* GPx5, GPx7 i GPx8 no figuren per no haver estat descrites com selenocisteïnes.

SelN

De les primeres en descobrir-se mitjançant eines bioinformàtiques i també la primera a relacionar-se clarament amb trastorns que afecten humans (miopaties caracteritzades per hipotonia, debilitat, disfunció de la musculatura axial, rigidesa espinal i fallida respiratòria fatal).
La seva funció exacta resta desconeguda, però sembla intervenir en la embriogènesi i funció muscular, així com la regulació de receptors de rianodina (i per tant del trànsit de calci) en aquest teixit. També sembla estar implicada en l'homeòstasi redox.

Tornar

Protistes

Els protistes formen un grup molt divers de microorganismes eucariotes. Actualment se’ls classifica basant-se en la filogènia, però durant molt de temps se'ls ha classificat com un regne més a causa de la seva àmplia varietat de característiques que dificultava incloure'ls en cap altre. Dins d'aquest regne propi se’ls dividia en grups segons les semblances que tenien amb altres regnes:

1. Protozous unicel·lulars semblants als animals.
2. Protofitins (sobretot algues unicel·lulars) semblants a les plantes.
3. Mixomicets i oomicets semblants als fongs.

Tenen organització i estructures biològiques relativament senzilles respecte la resta d'eucariotes (fongs, animals, plantes) ja que poden presentar estructura unicel·lular, pluricel·lular o colonial sense arribar a formar teixits especialitzats.
Viuen gairebé en qualsevol medi que contingui aigua líquida. Amb un estil de vida molt similar al dels procariotes, la majoria són autòtrofs i aerobis. Molts protists com ara les algues, són fotosintètics i productors primaris essencials dels ecosistemes, mentre que altres com els cinetoplàstids i apicomplexos causen malalties als humans com ara la malària.
Tenen una distribució molt diversa de selenoproteïnes i per aquest motiu els estudiem i utilitzem els seus genomes per poder-ne identificar.

Els protistes que hem utilitzat en aquest projecte per analitzar-ne el seu genoma són els següents:

A.taiwanesis
C.owczarzaki
C.merolae
C.muris
C.parvum
E.siliculosus
H.arabidopsidis
N.gruberi
P.pallidum
P.tricornutum
P.ultimum
S.parasitica
T.trahens

Eines bioinformàtiques per a la detecció de selenoproteïnes

Als darrers anys s’han desenvolupat múltiples mètodes per identificar selenoproteïnes i incorporar-les a les anotacions dels genomes. Aquests mètodes segueixen dues estratègies complementàries, ambdues basades en la cerca, identificació i validació de patrons específics en seqüències (Mariotti M, et al.):

a) Predicció dels elements SECIS en seqüències genòmiques:
És el mètode més estés. Dóna problemes ja que, tot i mantenir l’estructura secundària, els elements SECIS poden tenir seqüències molt diferents, fet que obliga a dissenyar models específics per cada taxó analitzat.

b) Anàlisi de conservació de seqüències downstream a codons UGA:
Dóna seriosos problemes, ja que les anotacions resultants interpreten erròniament stop codons o directament, ignoren els segments que els contenen.

Per contrarrestar els resultats potencialment erronis, ambdós problemes requereixen nombroses comprovacions manuals.

Tornar