Selenoproteïnes En Genomes de Protistes

El tBLASTn amb GPx1 d'Homo Sapiens com a query contra el genoma de C.muris reporta 2 hits, dels quals només 1 és estadísticament significatiu (E-value=1e-11). Quan observem l'alineament veiem que l'aminoàcid selenocisteïna (U) de la query s'alinea amb una cisteïna (C), així que podríem pensar que el hit que hem trobat correspon a algun homòleg amb Cis de la GPx1.
En executar Exonerate comprovem que la Sec (Unk) s'alinea amb una Cis, fet que ens reafirma en la nostra sospita que el hit correspon a un homòleg amb cisteïna amb seqüència:

RTAANISPDKSFYDYTLKTLEGELYPLSSLKGKVVMITNVASKCGYSYKYYNQMVRMHSVFAPFGFEILA
IPSREFLRQEYLDPKDIRKAI

Per corroborar aquest resultat executem Genewise, programa que ens dóna una seqüència més llarga:

RTAANISPDKSFYDYTLKTLEGELYPLSSLKGKVVMITNVASKCGYSYKYYNQMVRMHSVFAPFGFEILA
IPSREFLRQEYLDPKDIRKAINSFNVEFPVMELSNVNGENALDLINFLK

L'alineament d'aquesta proteïna contra la query amb TCoffee dóna un score elevat (94) que ens indica que hem obtingut predit una proteïna molt similar a la query. Per tant, podem hipotetizar que C.muris té un gen que codifica per un homòleg amb Cis de la nostra selenoproteïna.

C.muris no presenta cap possible element SECIS. Això té lògica ja que hem vist que es tracta d'un homòleg amb Cis i no pas d'una selenoproteïna, així que probablement hagi perdut aquestes seqüències.

Tornar a Resultats