Gràcies al programa SelK.pl obteníem automàticament els blasts contra tots els protists alhora (sense haver de posar la comanda cada vegada). Una vegada teníem aquests blasts, els vam analitzar individualment seleccionant aquells que presentaven un e-value bo, una bona homologia o bé aquells en els que se'ns havia alineat la selenocisteïna o cisteïna de les nostres qüeries. Així, ens vam quedar amb els següents blasts:

BLAST H.sapiens CONTRA P.sojae

BLAST L.braziliensis CONTRA T.cruzi

BLAST T.cruzi CONTRA L.mexicana

Cal afegir també que alguns dels BLASTs obtinguts ens van donar bons resultats, però a l'analitzar-los vam veure que era degut a que es tractava de zones de moltes repeticions de G.

Ens vam quedar aquest BLAST degut a que presentava un e-value bo, tot i que no ens alineava la selenocisteïna de la nostra query. Una vegada obtingut el tall de cromosoma mitjançant el fastasubseq, al fer l'anotació amb l'exonerate vam obtenir un resultat prou bo com per fer-nos pensar que podia correspondre a la nostra proteïna tot i que seguia sense alinear-nos la selenocisteïna. A partir d'aquesta anotació, vam fer l'alineament de la query amb la proteïna obtinguda.

Com que en aquest alineament no se'ns alinea la selenocisteïna, vam decidir mirar utilitzant el programa de traducció de la pàgina web d'EXPASY si allà on s'acabava la nostra proteïna alineada hi havia un codó que pogués correspondre a la selenocisteïna, però no el vam trobar. També vam intentar obtenir resultats fent servir una query que era la part de la proteïna que se'ns havia alineat amb la part final de la proteïna query que no se'ns havia alineat però tampoc vam obtenir resultats positius.

Torna a dalt

En aquest cas, vam seleccionar aquest BLAST perquè tenia un e-value bo i se'ns alineava la cisteïna de la query. Al fer l'anotació, el resultat del exonerate ens alineava una porció molt més petita que la que aconseguiem alinear amb el BLAST. Per això la primera proteïna que vam obtenir no era completa i el primer alineament era d'un tall molt petit de la proteïna query.

A continuació vam intentar utilitzar com a query una proteïna híbrida amb la part alineada en el BLAST i la part que no se'ns havia alineat, però vam obtenir el mateix resultat.

Finalment, vam agafar la seqüència de la proteïna alineada en el BLAST, i utilitzant el programa de traducció de la web d'EXPASY, vem mirar a que corresponien els codons que hi havien just on s'acabava aquesta proteïna. Aquí si que vam trobar un codó que podia correspondre a una selenocisteïna just allà on esperàvem que hi estigués. Per tant, ara vam fer servir la proteïna query junt amb la selenocisteïna i l'arginina que havíem trobat a la web just després de la proteïna que trobavem al BLAST i vam tornar-lo a fer obtenint el següent BLAST. Així vam poder confirmar que la selenocisteïna s'alineava bé.

Aleshores, per confirmar que la proteïna hi era, vem utilitzar com a query la proteïna que se'ns alineava en el BLAST, és a dir, que ja era la SelK de T.cruzi. Al continuar amb el procés vam obtenir un exonerate perfecte, a partir del qual obtenírem el cDNA complet de la SelK de T.cruzi el qual vam traduïr a proteïna.

Al fer l'alineament amb la nostra query ja podem concloure que T.cruzi té la SelK.

Element SECIS

Mitjançant el procés explicat a l'apartat de materials i mètodes vam trobar un element SECIS per aquesta proteïna amb un cove score de 13.80.

Torna a dalt

Ja que no teníem més resultats bons en els BLASTs realitzats contra els protistes que havíem d'analitzar aquest any, vam decidir fer també l'anàlisi contra els protistes analitzats l'any passat utilitzant la proteïna de L.braziliensis i la trobada en T.cruzi com a query.

Només vam trobar un BLAST bo utilitzant la seqüència de T.cruzi com a query contra el genoma de L.mexicana. En aquest cas, l'exonerate sí que ens alineava una porció més gran de la proteïna, raó per la qual la proteïna obtinguda ens donava un bon alineament tot i que no tenia la selenocisteïna.

Per intentar trobar la proteïna completa, vam tornar a utilitzar el programa de traducció de la web d'EXPASY i vam mirar que hi havia just allà on acabava la proteïna obtinguda en els passos anteriors. I efectivament vam trobar que hi havia un codó tga que podia correspondre a la selenocisteïna justament allà on acabava la proteïna seguit d'una glicina i una arginina. A continuació vam afegir aquests tres residus a la proteïna que teníem i la nova proteïna modificada la vam utilitzar com a query.

Utilitzant aquesta seqüència com a query, vam obtenir un BLAST i un exonerate molt bons, per tant vam poder confirmar que L.mexicana té la SelK i en vam poder extreure el cDNA i la seqüència de la proteïna. Finalment vam fer l'alineament de la seqüència query i la seqüència obtinguda a L.mexicana.

Element SECIS

Mitjançant el procés explicat a l'apartat de materials i mètodes vam buscar elements SECIS per aquesta proteïna, pero l'únic resultat que vam obtenir tenia un "cove score" de 0, raó per la qual el vam descartar.

Torna a dalt

En el següent enllaç trobareu els resultats en un fitxer "*.zip":

Output.zip

Torna a dalt