BÚSQUEDA DE SECUENCIAS PROMOTORAS

Drosophila pseudoobscura

Para esta especie, la obtención de los ortologos también ha resultado; ser bastante complicada, pero menos que en el caso de Apis mellifera. El genoma de D.pseudoobscura está secuenciado pero no anotado, por lo que para obtener las secuencias promotoras hemos tenido que hacer tBLASTx de los 600 primeros nucleótidos del cDNA de los genes de D.melanogaster. Una vez obtenidas la sequencias ortólogas, hemos pedido los 2000 nucle&oacte;tidos donde teóricamente se encuentran los promotores. El problema se encuentra en los archivos que contienen las secuencias. Además no sabemos donde esta el TSS, lo que nos ha llevado cierto trabajo extra determinarlo, ya que hemos tendido que hacer ciertas operaciones para poder estimar el TSS. Listado de secuencias ortólogas entre D.pseudoobscura y D.melanogaster Las secuencias de los promotores de D.pseudoobscura Una vez obtenidas la sequencias de los promotores de D.pseudoobscura hemos utilizado el MATSCAN contra ellos utilizando la matriz obtenida del motivo de los promotores de D.melanogaster, para ver si se conserva algo de este motivo en los promotores de D.pseudoobscura. T=25% de los promotores de D.pseudoobscura Los resultados se parecen bastante a los resultados de A.gambiae, es decir, tenemos solamente hits en dos sequencias. Veremos si estas dos sequencias estan mejor conservadas realizaremos un CLUSTALW en el apartado de resultados conjuntos. Para determinar cual es el rango de error de la sequencia efectuamos un blast de los 150 primeros nucleótidos del cDNA de lasequencia de el gen ortólogo, con el promotor de D.pseudoobscura para ver cual era el rango de error con respecto al TSS. Este experimento solo se realizó para los genes ortologos donde habia hit del motivo de D.melanogaster, es decir en este caso en tan solo dos genes, y además solo nos dió en uno de los dos casos. Este unico resultado se puede ver a continuacuón se puede observar en el archivo a continuación: Blast entre los 500 primeros nt de cDNA de D.melanogaster contra promotor de su gen ortólogo en D.pseudoobscura Este nos da un resultado bastante bueno ya que nos indican que el TSS se encuentra a unos 600 nucleotidos de el inicio de nuestra sequencia, por lo supondremos que nuestros hits estan a +/- 600 nucleotids de lo que nosotros considerabamos el inicio de transcripciçón dependiendo si la sequencia esta en "fordward" o en "reverse". Esto en nuestra sequencia implica que nuestro hit que estaba de 794 a 893, esta realmente de 194-243, usando el TSS como coordenada 0. Lo cual nos da refuerza la posibilidad que contenga alguna subregión nuestro dominio sea una región o subregión promotora.

Otras pruebas que realizamos con estos promotores fue hacer un MEME para buscar si existe algún motivo en estas sequencias y si se parece al obtenido en los promotores de D.melanogaster. Como podemos observar en el siguiente archivo aparece un motivo deferente del de D.melanogaster pero quando corremos este motivo contra los promotores de las otras especies no aparece nigun hit por lo que tampoco seguiremos esta linea de investigación. MEME con los promotores de D.pseudoobscura Aparte de esto tambien realizamos un BLASTn de los promotores de D.pseudoobscura y D.melanogaster sin dar ningun resultado convincente (esta vez si daban resultados, pero no eran sobre regiones interesantes). Para analizar mas finamente las homologias entre las regiones hizimos CLUSTALW de los genes donde habia salido un hit. Los resultados se uncuentran en la parte de los resultados conjuntos.