BÚSQUEDA DE SECUENCIAS PROMOTORAS

Apis mellifera

Para esta especie, la obtención de los ortólogos ha resultado ser algo mas complicada. El genoma de A.mellifera esta secuenciado pero no anotado, por lo que para obtener las sequencias promotoras hemos tenido que hacer tBLASTx de los 600 primeros nucleótidos del cDNA de los genes de D.melanogaster. Una vez obtenidas la secuencias ortólogas, hemos pedido los 2000 nucleó,tidos donde teóricamente se encuentran los promotores. El problema se encuentra en los archivos que contienen las secuencias, son muy cortos, y como máximo solo hemos podido obtener 1000-500 nucleotidos de promotor. Además no sabemos donde está el TSS, lo que no llevará cierto trabajo extra ya que tendremos que hacer ciertas operaciones para poder estimar el TSS. Listado de secuencias ortólogas entre A.mellifera y D.melanogaster Las secuencias de los promotores de A.mellifera Una vez obtenidas la secuencias de los promotores de A. mellifera utilizamos el MATSCAN contra ellas utilizando la matriz obtenida del motivo de los promotores de D.melanogaster, para ver si se conserva algo de este motivo en los promotores de A.mellifera. Al realizar esta prueba con un treshold del 50% salen bastantes resultados, al hacerlo al 25% nos salen una cantidad ingente de hits, por razones obvias no lo hicimos al treshold 00%. A continuación los resultados: T=50% de los promotores de A. mellifera T=25% de los promotores de A.mellifera Los resultados son variariados, ciertamente podríamos pensar que muchos de los motivos encontrados forman parte de una secuencia repetitiva, pero como veremos en la parte de resultados conjuntos, existen algunos hits, donde se conserva ciertas subsecuencias. Además muchas de las hebras se encuentran en reverse por lo que parece que pudiera ser que el TSS estiviera en el otro lado de la gráfica. Para determinar cual es el rango de error con respecto al TSS de la sequencia efectuamos un blast de los 150 primeros nucleótidos del cDNA de la secuencia de el gen ortólogo, con el promotor de A.mellifera. El problema es que el tBLASTx no ha dado ningun resultado. Esto no invalida los resultados ya que es debido, seguramente, a que estos genes tienen un UTR mas largo, pero nos impide saca una estimación de la posición relativa entre nuestro motivo y el TSS.

Otras pruebas que hemos realizado con estos promotores han sido hacer un MEME para buscar si existe algún motivo en estas secuencias y si se parece al obtenido en los promotores de D.melanogaster. Como podemos observar en el siguiente archivo aparece un motivo diferente del de D.melanogaster pero quando corremos este motivo contra los promotores de las otras especies no aparece nigun hit por lo que tampoco seguiremos esta linea de investigación. MEME con los promotores de Apis mellifera Aparte de esto también hemos realizado un BLASTn de los promotores de A.mellifera y D.melanogaster sin obtener ningún resultado convincente, lo que es lógico, ya que lo que estamos buscando es la coincidencia de pequeñas regiones conservadas de pocos nucleotidos. Para analizar mas finamente las homologías entre las regiones hemos hecho CLUSTALW de los genes donde habia salido un hit. Los resultados se encuentran en la parte de los resultados conjuntos.