BÚSQUEDA DE SECUENCIAS PROMOTORAS

Anopheles gambiae

Como hemos dicho anteriormente lo primero que hemos hecho ha sido obtener los ortólogos. En el caso de A.gambiae nos ha resultado fácil ya, que su genoma esta secuenciado y anotado. Solo hemos tenido que pedir los ortólogos de los genes de D.melanogaster y despues pedir las regiones promotoras en el Ensmart Listado de los ortólogos entre D.melanogaster y A.gambiae Las secuencias de los promotores de A.gambiae Localización de los genes en el genoma. Una vez obtenidas la sequencias de los promotores de A. gambiae hemos utilizado el MATSCAN contra ellas utilizando la matriz obtenida del motivo de los promotores de D.melanogaster, para ver si se conservaba algo de este motivo en los promotores de A.gambiae. Al realizar esta prueba con un treshold del 50% no hemos obtenido ningún hit, posterioremente lo hemos hecho a un treshold del 25% y hemos obtenido los siguentes resultados: T=25% de los promotores de A. gambiae Como podemos ver existen dos secuencias que tienen uno y dos hits respectivamente. Aunque parezca poco, es suficiente para poder afirmar que si se ha conservado algo. Como suponiamos anteriormente no es nuestro motivo entero sino alguna pequeña parte de este.Esto lo analizaremos también con mas detalle en el apartado de resultados conjuntos.

Otras pruebas que hemos realizado con estos promotores han sido hacer un MEME para buscar si existe algún motivo en estas secuencias y si se parece al obtenido en los promotores de D.melanogaster. Como podemos observar en el siguiente archivo aparece una motivo GT pero cuando corremos este motivo contra los promotores de las otras especies no aparece nigun hit por lo que no seguiremos esta linea de investigación (Además al realizar esta prueba podemos ver la importancia de nuestros dos hits en los promotores de A.gambiae por parte del motivo encontrado en los promotores de D.melanogaster ). MEME con los promotores de Anopheles gambiae Aparte de esto también hemos realizado un BLASTn de los promotores de A.gambiae y D.melanogaster sin dar ningún resultado convincente, lo que es logico, ya que lo que estamos buscando es la coincidencia de pequeñas regiones conservadas de pocos nucleotidos. Para analizar mas finamente las homologías entre las regiones hemos hecho CLUSTALW de los genes donde ha salido un hit, estos resultados estan en la apartado de resultados conjuntos.