Después de comprobar la existencia de una posible secuencia cis reguladora en la región promotora de algunos genes 22sin3 en D. melanogaster y en algunas regiones promotoras de genes ortólogos de otras espés (D. pseudobscura, A. mellifera y A. gambiae) hemos querido determinar el grado de conservación de estas posibles secuencias reguladoras. Para ello hemos hencho un clustasw de cada hit de 50 nucleotidos de D. melanogaster con el hit obtenido mediante MATSCAN en las regiones promotoras de los genes ortólogos.
Hemos hecho CLUSTALW de los hits de los genes de D.pseudoobscura contra su "hit ortólogo" en D.melanogaster.
Se puede comprobar que existen pequeñas regiones conservadasdentro de la secuencia de 50 nt.
CLUSTALW de los hits D.melanogaster y D.pseudoobscura
También hemos realizado CLUSTALW de los hits obtenidos en A.gambiae contra sus hits ortólogos en D.melanogaster observando una vez mas una gran conservación de regiones nucleotídicas.
CLUSTALW de los hits D.melanogaster y A.gambiae
En el caso de A.mellifera hemos escogido , los hits que obteniamos con un T=25% de las sequencias que también tenian hit en los ortó de D.melanogaster y D.pseudoobscura.
CLUSTALW de los hits D.melanogaster y A.mellifera
Por otra parte hemos querido comprobar la conservación de las regiones promotoras entre genes ortólogos mediante un blastn, sobre todo do entre aquellas regiones de genes ortólogos en los que hemos obtenido hits (secuencias reguladoras). De esta forma hemos comprobado que las regiones promotoras no estan muy bien conservadas entre diferentes especies, ya que los resultados de blastn han sido nulos.
Este último resultado nos ha llevado a pensar en la posibilidad de la existencia de alguna otra secuencia reguladora en las regiones promotoras de los genes estudiados en otras espécies. Por ello, mediante meme, hemos querido encontrar una matriz para posibles secuencias cis reguladoras en cada una de las esp´ecies relacionadas. De esta forma hemos comprobado la existencia de una matriz para secuencias bastante similares de 50 nucleotidos en los promotores de todas las especies estudiadas, excepto en los promotores de A.gambiae. Sin embargo cuando realizamos el MATSCAN con esta matriz contra cualquier conjunto de promotores no sale ningún resultado convincente, por lo que optamos abandonar esta linea de investigación.