Conclusions SPS
SPS1
La Selenophosphate synthetase 1 és un enzim que sintetitza selenofosfat a partir del seleni i l’ATP. El selenofosfat és el donador de seleni utilitzat per sintetitzar la selenocisteïna. [12]
Es va buscar en el genoma de la fura utilitzant la proteïna de Mus musculus, la qual és un homòleg que presenta aminoàcids diferents a la cisteïna.
L’alineament és quasi perfecte (on el hit agafat tenia un e-value=1e-34), el que pot reflectir la gran importància de la funció d’aquesta proteïna, que no ha permès cap canvi en la seva seqüència aminoacídica.
SPS2
Es creu que la Selenophosphate synthetase 2 té la mateixa funció que SPS1,ja que encara no se sap què les diferencia en la seva funció. Tant en ratolí com en humà es tracta d’una selenoproteïna, malgrat que en ratolí no hi ha anotat l’element SECIS.[12]
Per a la nostra cerca s’ha utilitzat la proteïna de Mus musculus, el que ens va donar com a resultat un hit amb una molt bona homologia (e-value=e-145), cosa que ens fa pensar que el patró de lectura és correcte; però només a partir de l’aminoàcid número 91. Un problema afegit és que la selenocisteïna està situada entre aquests primers aminoàcids.
Per intentar solucionar-ho es va executar un Genewise amb la query del ratolí, i també es va executar un altre Exonerate però ara utilitzant la proteïna humana (resultats del T-coffee). Les dues cerques ens van portar al mateix resultat inicial.
Una altre aproximació va ser executar tblastn al NCBI utilitzant la proteïna de ratolí com a query. En la majoria de rosegadors (Rattus norvegicus, Cricetulus griseus) la homologia ocorre al llarg de tota la seqüència. En Canis lupus, organisme que es troba més proper filogenèticament que el ratolí a la fura, la homologia és molt bona però també li falta un fragment.Tot i així,aquest últim organisme sí que inclou la selenocisteïna dins de la regió que presenta homologia.
Finalment, es va intentar buscar aquest fragment en tot el genoma de la fura i només vàrem obtenir un hit en una regió genòmica diferent a la resta de la proteïna. La identitat és només del 48% i no conserva la selenocisteïna. (enllaç a l’aliniament)
Per tant no podem concloure que la fura contingui la SPS2. Una altre hipòtesi podria ser que aquest gen s’hagi fragmentat en el genoma de Mustela putorius furo.
Tornar a l'inici de la pàgina