SPS2

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma donen diferents hits, però no tots compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Tenint en compte aquests això, només seguim realitzant la resta de passos amb tres hits: gi|288565291|gb|GG743906.1| per la query de A. gambiae (E-value=1e-51) gi|288565291|gb|GG743906.1| per la query de D. melanogaster (E-value=5e-45) i gi|288565291|gb|GG743906.1| per la query de H. sapiens (E-value=1e-40). Com es pot observar, els identificadors dels hits són els mateixos, però no descartem cap dels hits per poder comprovar que els resultats finals es corresponguin i no hi hagi errors durant l’execució.

Els alineaments realitzats amb les proteïnes obtingudes amb Exonerate i amb Genewise tenen scores bastant similars, però en els alineaments obtinguts per Genewise la selenocisteïna de la query es troba alineada amb gaps, mentre que amb l’alineament realitzat per la proteïna obtinguda de l’Exonerate, no. Per això ens quedem amb les proteïnes obtingudes per Exonerate.

En els tres casos la similitud és molt elevada i es produeix un alineament de la selenocisteïna (X) de la query amb una selenocisteïna (X) de la proteïna predita en el genoma de S. parasitica. Per tant, aquests resultats indiquen que l’espècie S. parasitica conté una regió amb alta homologia amb Sps2 i presenta una selenocisteïna en aquesta regió. És a dir, conté la selenoproteïna Sps2.

S’ha realitzat un BLASTp per la proteïna predita i s’ha obtingut que s’alinea amb la selenide water dikinase. Això indica que la proteïna que hem obtingut és la proteïna que estàvem buscant i que hem trobat la família Sps en aquest genoma.

Per últim, s'ha fet la cerca dels elements SECIS. Hem obtingut elements SECIS en la regió 3' de la selenoproteïna amb un valor energètic de 27,47.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS2

Saprolegnia parasitica