SPS2

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma donen diferents hits, però no tots compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Tenint en compte els nostres criteris, només seguim realitzant la resta de passos amb tres hits: supercontig_1.1 per la query de A. gambiae (E-value=9e-6), supercontig_1.1 per la query de D. melanogaster (E-value=2e-4) i supercontig_1.1 per la query de H. sapiens (E-value=2e-15). Com es pot observar, els identificadors dels hits són els mateixos, però no descartem cap dels hits per poder comprovar que els resultats finals es corresponguin i no hi hagi errors durant l’execució.

Els alineaments realitzats amb les proteïnes obtinguda amb Exonerate i amb Genewise són lleugerament diferents. En aquest cas, per als hits procedents de les queries de D. melanogaster i de A. gambiae considerem que la predicció obtinguda amb Exonerate és millor que la obtinguda amb Genewise; mentre que per al hit procedents de les query de H. sapiens utilitzarem la proteïna obtinguda de Genewise. A la taula es mostren les proteïnes obtingudes amb el programa que dóna una millor predicció.

En els tres casos l’homologia és molt elevada i es produeix un alineament de la selenocisteïna (X) de la query amb una C de la proteïna obtinguda del genoma de C. owczarzaki. Per tant, aquests resultats indiquen que l’espècie C. owczarzaki conté una regió amb alta homologia amb sps2 i presenta un homòleg en cisteïna de la selenoproteïna sps2 en el seu genoma.

S’ha realitzat un BLASTp de la proteïna predita amb la base de dades no redundant i el millor resultat mostra un alineament amb la sps de C. owczarzaki. Això indica que tota la cerca de selenoproteïna en aquest genoma ha estat correcta i hem obtingut aquella proteïna que estàvem buscant.

Per últim, no s’ha detectat cap element SECIS en la regió 3’ de la proteïna predita.

Torna a dalt
Torna a resultats

Selenoproteïnes

SPS2

Capsaspora owczarzaki