SPS2

Cyanidioschyzon merolae


Queries BLAST
estés		 BLAST -m9 Hits
(filtre e-)		 Hits
(filtre u)		 Exonerate GeneWise GFF cDNA Proteïna TCoffee BLASTp Secis
A.gambiae veure veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure txt/imatge
D.melanogaster veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure txt/imatge
H.sapiens veure veure veure veure veure veure veure veure html/txt veure txt/imatge

L’alineament de les queries de A. gambiae, D. melanogaster i H. sapiens amb el genoma donen diferents hits, però no tots compleixen els criteris establerts prèviament (veure materials i mètodes). Per això, seguim realitzant la resta de passos amb només tres hits: gi|151559141|dbj|AP006498.2| per la query de A. gambiae (E-value=2e-34), gi|151559141|dbj|AP006498.2| per la query de D. melanogaster (E-value=1e-27) i gi|151559141|dbj|AP006498.2| per la query de H. sapiens (E-value=2e-37). Com es pot observar, els identificadors dels hits són els mateixos, però no descartem cap dels hits per poder comprovar que els resultats finals es corresponguin i no hi hagi errors durant l’execució.

Considerem que la predicció obtinguda amb Exonerate és molt similar a la obtinguda amb Genewise, de manera que seguim el procés amb la proteïna obtinguda per Exonerate, ja que és el resultat que ens quedem per defecte (veure materials i mètodes). Per això, aquesta és la proteïna que es mostra a la taula i que utilitzem per fer el T_coffee.

A l’analitzar el T_coffee observem que en els tres casos l’homologia és bastant elevada i que la selenocisteïna de la query es troba alineada amb una cisteïna en la proteïna predita. Aquests resultats indiquen que l’espècie C. merolae conté una regió amb alta homologia amb sps2 i presenta un homòleg en cisteïna de la selenoproteïna sps2 en el seu genoma.

S’ha realitzat un BLASTp de la proteïna predita contra la base de dades no redundant i els resultats mostren que aquesta proteïna presenta una elevada similitud amb una selenofosfat sintasa de C. Owczarzaki (un dels altres protistes que investiguem). Això indica que hem trobat la proteïna que estàvem buscant perquè s’assembla a una Sps de C. owczarzaki. El fet que ens doni la Sps d’aquesta espècie indica que de les espècies que es troben a la base de dades aquesta és la que presenta una proteïna més similar.

Per últim, s'ha fet la cerca dels elements SECIS. Hem obtingut elements SECIS en la regió 3' de la selenoproteïna amb un valor energètic de 7.33.

Torna a dalt
Torna a resultats